As Einsatzgruppen (Unidades Móveis de Extermínio) eram esquadrões compostos principalmente pelos membros das SS e da polícia alemã. Durante a invasão da União Soviética, em junho de 1941, as Einsatzgruppen acompanharam o exército alemão enquanto este avançava rumo ao interior do território soviético. As Einsatzgruppen, que frequentemente tinham o apoio dos cidadãos e das polícias locais, realizavam operações de assassinato direto. Suas vítimas eram os judeus, os ciganos, membros do governo soviético, e do Partido Comunista. As Einsatzgruppen também assassinaram milhares de pessoas internadas em instituições para deficientes físicos e mentais. Contrastando com os métodos utilizados posteriormente para a deportação dos judeus de seus locais de residência ou dos guetos para os campos de extermínio, as Einsatzgruppen iam diretamente até as comunidades judaicas e as massacravam. O exército alemão dava o apoio logístico às Einsatzgruppen, tais como suprimentos, transporte, moradia e, algumas vezes, recursos humanos na forma de unidades que deveriam vigiar e transportar os prisioneiros. No início, as Einsatzgruppen atiravam somente em judeus do sexo masculino mas, a partir do final do verão de 1941, onde quer que as Einsatzgruppen fossem, atiravam indiscriminadamente em homens, mulheres e crianças judias, sem preocupação com a idade, e os jogavam, mortos ou feridos ainda vivos, dentro de grandes buracos que serviam como sepulturas em massa. Com a ajuda de informantes e intérpretes locais, os judeus de uma determinada região eram identificados e levados para pontos de coleta. Dali em diante, as vítimas tinham que marchar até as covas, ou então eram transportados por caminhões para os locais de execução onde valas já haviam sido preparadas. Inúmeras vezes as vítimas tiveram que cavar suas próprias sepulturas [e a de seus filhos, pais, mães, esposos, etc.] antes de serem executadas.

O fuzilamento era a forma de assassinato mais utilizada pelas Einsatzgruppen. Porém, quase no final de 1941, Heinrich Himmler, observando o impacto psicológico que os constantes fuzilamentos em massa causavam em seus homens, solicitou que uma forma mais "conveniente" de matar fosse desenvolvida. Foram então criados caminhões especiais, que eram na verdade câmaras de gás móveis, montadas sobre o chassi de um caminhão de carga, que emitiam o monóxido de carbono do escapamento para dentro da carroceria fechada e assim matavam por asfixiamento as vítimas ali amontoadas. Os caminhões de gás foram utilizados pela primeira vez na frente oriental [leste europeu] no final do outono [alemão] de 1941, e foram também usados em conjunto com fuzilamentos para matar as vítimas que estivessem nas áreas onde as Einsatzgruppen operassem. Na primavera de 1943, os batalhões da Einsatzgruppen e da Polícia da Ordem já haviam exterminado mais de um milhão de judeus soviéticos e dezenas de milhares de políticos soviéticos, partisans, ciganos e deficientes físicos e mentais que estavam em instituições de atendimento especializado.

Os métodos diretos de extermínio, particularmente os fuzilamentos, mostraram-se ineficientes para operações de larga escala e eram "traumatizantes" para os que atiravam. Enquanto as unidades da Einsatzgruppen prosseguiam suas operações, as autoridades alemãs planejaram e iniciaram a construção de instalações fixas de extermínio por gás em pontos centralizados, com a finalidade de destruir a maior quantidade possível de judeus.