Τα Einsatzgruppen (κινητές μονάδες εξόντωσης) ήταν ομάδες ειδικής δράσης οι οποίες στελεχώθηκαν κυρίως από τα Γερμανικά SS και από αξιωματικούς των αστυνομικών δυνάμεων. Κατά την εισβολή στη Σοβιετική Ένωση τον Ιούνιο του 1941, αυτά τα τάγματα θανάτου ακολουθούσαν το γερμανικό στρατό καθώς προχωρούσε στα ενδότερα της Σοβιετικής επικράτειας. Τα Einsatzgruppen, που συχνά βασίζονταν στην υποστήριξη των τοπικών πολιτικών και αστυνομικών δυνάμεων, αναλάμβαναν αποστολές μαζικής εξολόθρευσης. Τα θύματά τους ήταν Εβραίοι, Ρομά (Τσιγγάνοι) και στελέχη του Σοβιετικού κράτους και του κομμουνιστικού κόμματος. Τα Einsatzgruppen δολοφόνησαν επίσης χιλιάδες τρoφίμους σε άσυλα για διανοητικά και φυσικά ανάπηρα άτομα. Σε αντίθεση με τις μεθόδους που εφαρμόστηκαν αργότερα για την απέλαση των Εβραίων από τις ιδιαίτερες πατρίδες τους ή από τα γκέτο προς τα κέντρα εξόντωσης, τα Einsatzgruppen εισέβαλαν απευθείας στις τοπικές εβραϊκές κοινότητες και τις αφάνιζαν. Ο γερμανικός στρατός τους παρείχε υλικοτεχνική υποστήριξη, όπως προμήθειες, μεταφορικά μέσα, στέγαση, και κατά καιρούς ανθρώπινο δυναμικό υπό τη μορφή μονάδων στρατού υπεύθυνων για τη φρούρηση και τη μεταφορά των κρατουμένων. Αρχικά τα Einsatzgruppen δολοφονούσαν κυρίως άνδρες Εβραίους. Στα τέλη του καλοκαιριού του 1941, ωστόσο, εκτελούσαν πλέον άνδρες, γυναίκες και παιδιά εβραϊκής καταγωγής, ανεξαρτήτως ηλικίας ή φύλου, και ενταφίαζαν τις σορούς σε ομαδικούς τάφους. Σε πολλές περιπτώσεις με τη βοήθεια ντόπιων πληροφοριοδοτών και διερμηνέων, εντόπιζαν τους Εβραίους κάθε περιοχής και τους μετέφεραν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης. Κατόπιν τους υποχρέωναν σε πορείες θανάτου ή τους οδηγούσαν με φορτηγά στο τόπο εκτέλεσης, όπου είχαν ανοίξει εκ των προτέρων τάφρους. Σε ορισμένες περιπτώσεις οι αιχμάλωτοι εξαναγκάζονταν να σκάψουν οι ίδιοι τους τάφους τους πριν από την εκτέλεσή τους.

Η εκτέλεση με πυροβόλο όπλο ήταν ο πιο κοινός τρόπος δολοφονίας που χρησιμοποιείτο από τα Einsatzgruppen. Στα τέλη του καλοκαιριού του 1941 όμως, ο Χάινριχ Χίμλερ, συνειδητοποιώντας ότι αυτές οι μαζικές εκτελέσεις είχαν έντονα αρνητικά αποτελέσματα στην ψυχολογία των στρατιωτών, ζήτησε να μπει σε εφαρμογή μια πρακτικότερη μέθοδος θανάτωσης. Έτσι άρχισαν να λειτουργούν οι ειδικοί κινητοί θάλαμοι αερίων: επρόκειτο για φορτηγά οχήματα πάνω στον άξονα των οποίων ήταν προσαρμοσμένοι σφραγισμένοι θάλαμοι αερίων όπου τα θύματα θανατώνονταν με διοξείδιο του άνθρακα που διοχετευόταν από την εξάτμιση του φορτηγού. Οι ειδικοί κινητοί θάλαμοι αερίων έκαναν την πρώτη τους εμφάνιση στο ανατολικό μέτωπο στα τέλη του φθινοπώρου του 1941, και χρησιμοποιήθηκαν τελικά, παράλληλα με τις εκτελέσεις με πυροβόλα όπλα, στη συστηματική δολοφονία Εβραίων και άλλων θυμάτων στις περισσότερες περιοχές όπου έδρασαν τα Einsatzgruppen. Ως την άνοιξη του 1943 τα Einsatzgruppen και τα Ναζιστικά αστυνομικά τάγματα (Ordnungspolizei) είχαν ήδη δολοφονήσει πάνω από ένα εκατομμύριο Εβραίους της Σοβιετικής Ένωσης και δεκάδες χιλιάδες Σοβιετικούς κομισάριους, αντάρτες, Ρομά και άτομα με πνευματικές και σωματικές αναπηρίες εσώκλειστα σε ιδρύματα. Οι κινητές μέθοδοι εξόντωσης, ιδιαίτερα οι εκτελέσεις με πυροβόλα όπλα, αποδείχτηκαν ότι ήταν αναποτελεσματικές και επιβάρυναν ψυχολογικά τους δράστες. Καθώς οι μονάδες των Einsatzgruppen συνέχιζαν τη δράση τους, οι γερμανικές αρχές σχεδίασαν και άρχισαν να κατασκευάζουν ειδικές μόνιμες εγκαταστάσεις θαλάμων αερίων στα κεντρικά στρατόπεδα εξόντωσης προκειμένου να δολοφονούν τεράστιους αριθμούς Εβραίων με ταχύτερο και αποδοτικότερο τρόπο.