En 1941, vivían en Yugoslavia unos 78.000 judíos, incluidos cerca de 4.000 judíos extranjeros o sin patria que habían hallado refugio en el país durante la década de 1930.

En abril de 1941, la Alemania nazi invadió el sudeste de Europa, los Balcanes. Las fuerzas alemanas pudieron ocuparlos rápidamente gracias al apoyo de unidades militares de Italia, Bulgaria y Hungría.

La ex Yugoslavia fue dividida entre los vencedores. El noroeste fue ocupado por Alemania, que anexó el norte y el este de Eslovenia, y ocupó Serbia. En el norte, Alemania e Italia establecieron el estado fascista y proalemán de Croacia. También en el norte, Hungría se quedó con Backa, la región alrededor de Subotica. Bulgaria anexó la Macedonia yugoslava (el área sur, entre las ciudades de Skopje y Bitola). Italia ocupó las zonas costeras.

El destino de los judíos que vivían en Yugoslavia se vio afectado por los conflictos políticos y tácticos de Alemania y sus aliados.

Serbia 

Alemania ocupó Serbia, donde estableció un gobierno militar en 1941. La mayoría de los judíos fueron recluidos en campos de concentración: en Topovske Supe, Sajmiste, Schabatz y Nisch. En agosto de 1941, la mayoría de los hombres recluidos fueron fusilados. En 1942, las SS trajeron una camioneta de gas (un camión con un compartimiento herméticamente cerrado que funcionaba como una cámara de gas) al campo de Sajmiste, donde habían recluido a la mayoría de las mujeres y los niños judíos. Al menos 8.000 mujeres y niños judíos murieron de esta forma a fines de mayo.

Croacia 

En Croacia se creó un estado títere de los alemanes (en abril de 1941) y la Ustasha (fascistas croatas) instituyeron un reinado de terror y mataron sistemáticamente a serbios, judíos y romaníes (gitanos). Los fascistas croatas asesinaron o expulsaron a cientos de miles de serbios, violaron a sus mujeres y torturaron a los hombres, e incendiaron sus aldeas rurales, cuyos habitantes mataron.

A fines de 1941, cerca de dos tercios de los judíos de Croacia habían sido encarcelados en campos de todo el territorio (Jadovno, Kruscica, Loborgrad, Djakovo, Tenje, Osijek y Jasenovac). La Ustasha asesinó más de 20.000 judíos en el campo de concentración de Jasenovac, a unos 96 kilómetros de la capital, Zagreb. En 1942 y 1943, unos 7.000 judíos fueron deportados desde Croacia a Auschwitz-Birkenau.

Muchos judíos croatas que sobrevivieron a la guerra buscaron refugio en las zonas ocupadas por Italia. Las autoridades de este país rechazaron las exigencias alemanas de entregarlos, y en cambio reunieron en el campo de la isla de Rab, en la zona italiana, a muchos de los que estaban en la Yugoslavia bajo ocupación italiana. Después de que el gobierno italiano aceptara un armisticio con los aliados en septiembre de 1943, Alemania ocupó la zona italiana de Yugoslavia. Los miembros de la resistencia yugoslavos ayudaron a muchos ex prisioneros de Rab a evitar que las fuerzas alemanas los capturaran.

Yugoslavia Bajo Ocupación Húngara y Búlgara

Inicialmente, Hungría, aliado de Alemania, no deportaba a los judíos desde el territorio que ocupaba en Yugoslavia. Pero el ejército y la policía húngaros asesinaron a miles de judíos y serbios en la ciudad yugoslava de Novi Sad en enero de 1942. La deportación de la mayoría de los judíos del territorio bajo ocupación húngara comenzó poco después de que los alemanes ocuparan Hungría en marzo de 1944. Los alemanes concentraban a los judíos de la región de Backa (anteriormente parte de Yugoslavia) en tres campos: Backa-Topolya, Baja y Bacsalmas, y desde allí los deportaban a Auschwitz. A la mayoría los mataron en Auschwitz-Birkenau.

Bulgaria no deportó a los judíos búlgaros, pero sí a los judíos no búlgaros de los territorios que había anexado de Yugoslavia y Grecia. En marzo de 1943, Bulgaria arrestó a todos los judíos de Macedonia, anteriormente parte de Yugoslavia, y de la Tracia, anteriormente parte de Grecia. En Macedonia, unos 7.000 judíos fueron recluidos en un campo de tránsito en Skopje. En la Tracia, se deportaron unos 4.000 judíos a puntos de reunión de Bulgaria en Gorna Dzhumaya y Dupnitsa, y se los entregó a los alemanes. Bulgaria deportó más de 11.000 judíos a territorio ocupado por los alemanes, y hacia finales del mes a la mayoría de ellos al campo de exterminio de Treblinka, en la Polonia bajo ocupación alemana.

Las tropas alemanas se retiraron del noroeste de Yugoslavia a fines de abril de 1945. Aproximadamente 60.000 judíos yugoslavos fueron asesinados en el Holocausto. Miles de judíos yugoslavos sobrevivieron escondiéndose en casa de amigos o vecinos, o uniéndose a los miembros de la resistencia.