L'Holocauste nazi qui décima la population juive européenne et détruisit presque toute une culture vieille de plusieurs siècles anéantit également les grands centres européens de populations juives séfarades (ou judéo-espagnoles), et entraîna la disparition presque totale d'une langue et de traditions uniques. Les communautés juives séfarades de France et des Pays-Bas, au nord-ouest, jusqu'en Yougoslavie et en Grèce, au sud-est, furent presque éradiquées.

À la veille de la Seconde Guerre mondiale, la communauté séfarade d'Europe était concentrée dans les pays des Balkans : Grèce, Yougoslavie et Bulgarie. Ses principaux centres se trouvaient à Salonique, Sarajevo, Belgrade et Sofia. Ce que vécurent les communautés juives des Balkans pendant la guerre pouvait être très différent d'un endroit à un autre selon le régime en vigueur.

En Serbie et au nord de la Grèce, les communautés juives, dont les 50 000 Juifs de Salonique, se trouvèrent sous occupation allemande à partir d'avril 1941. Elles subirent de plein fouet les mesures répressives nazies, de la dépossession, l'humiliation et les travaux forcés aux prises d'otage puis, entre mars et août 1943, la déportation vers Auschwitz-Birkenau et l'extermination.

La population juive du sud de la Grèce dépendait des autorités italiennes. Celles-ci refusèrent de promulguer des lois antijuives et faisait leur possible pour résister aux tentatives allemandes de les déplacer vers la Pologne, jusqu'à ce que la capitulation de l'Italie, le 8 septembre 1943, fasse passer les Juifs sous contrôle allemand.

En Bosnie et en Croatie, les Juifs séfarades furent sous la coupe d'un État satellite fasciste catholique créé par l'Allemagne à partir d'avril 1941. Celui-ci leur fit vivre ce que l'on peut qualifier de pogroms, avant de les regrouper dans des camps locaux où ils furent massacrés aux côtés de Serbes et de Tsiganes.

Les Juifs de Macédoine et de Thrace étaient contrôlés par les forces d'occupation bulgares qui, après en avoir fait des apatrides, les rassemblèrent et les livrèrent aux Allemands pour être déportés.

Enfin, les Juifs bulgares relevaient de l'autorité d'un allié nazi qui les soumit à des mesures législatives antijuives ruineuses, mais qui finit par capituler face aux pressions exercées par des parlementaires, des ecclésiastiques et des intellectuels bulgares pour qu'ils ne soient pas déportés. Plus de 50 000 Juifs bulgares furent ainsi sauvés.