در بهار سال 1942، نیروهای اس اس و مقامات پلیس آلمان مرکز کشتار سوبیبور را در منطقه ای کم جمعیت و باتلاقی که اکنون نزدیک مرز شرقی لهستان قرار دارد بنا کردند. این اردوگاه در وسیع ترین بخش خود محوطه ای به مساحت 1312 در 1969 پا را در بر می گرفت. اردوگاه سوبیبور به دلیل درختان کاشته شده پیرامون آن از انظار مخفی شده بود. علاوه بر این، یک میدان مین به عرض 50 پا کل این اردوگاه را احاطه کرده بود. تعداد اندکی از کارمندان اس اس و مأموران پلیس آلمان و همچنین حدود 90 تا 120 نفر از واحد نگهبانان کمکی پلیس، متشکل از اسرای جنگی سابق روس و غیرنظامیان اوکراینی یا لهستانی، مسئولیت این اردوگاه را بر عهده داشتند.

مقامات اردوگاه عملیات کشتار با گاز را به طور منظم از ماه مه 1942 آغاز کردند. قطارهایی با 40 تا 60 واگن باری به ایستگاه قطار سوبیبور وارد می شدند. در هر نوبت 20 واگن وارد محوطه پذیرش این اردوگاه می شد. در آنجا مسافران یهودی به دستور نگهبانان روی سکوی ایستگاه قطار رفته و تمام اشیای قیمتی خود را تحویل می دادند. سپس آلمانی ها به یهودیان دستور می دادند وارد بازداشتگاه ها بشوند. آنگاه آنها را وادار می کردند که لباس های خود را درآورده و درون "لوله"- یک راه باریک و محصور که مستقیماً به اتاق های گاز می انجامید که به طرز گمراه کننده ای "حمام" نامیده می شد- بدوند. پس از بسته شدن درهای اتاق گاز، نگهبانان حاضر در اتاق مجاور موتوری را به کار می انداختند که مونوکسید کربن را از طریق لوله به درون اتاق های گاز می فرستاد. این روند به مرگ تمام افراد حاضر در این اتاق ها منجر می شد.

آن گروه از زندانیانی که برای زنده ماندن و گماشته شدن به بیگاری گزینش شده بودند، اجساد را از اتاق های گاز بیرون می آوردند و قربانیان را در گورهای دسته جمعی دفن می کردند. کارمندان اردوگاه مرتباً این زندانیان را به قتل می رساندند و زندانیان تازه وارد را جایگزین آنها می کردند. در پاییز سال 1942، مقامات اردوگاه سوبیبور با استفاده از کارگران یهودی به بیگاری گماشته شده شروع به نبش گورهای دسته جمعی کردند و اجساد را در فضای باز در "کوره هایی" که با ریل های راه آهن ساخته شده بودند سوزاندند. آلمانی ها همچنین تکه های استخوان های این افراد را با استفاده از ماشینی خرد و تبدیل به پودر کردند. این اقدامات با هدف از میان بردن تمام آثار کشتار جمعی صورت می گرفت.

در 14 اکتبر 1943، زندانیان باقیمانده در سوبیبور که تعدادشان حدود 600 نفر بود، شورش کردند و موفق به کشتن ده ها نفر از پرسنل این اردوگاه شدند. تقریباً 300 زندانی موفق به فرار شدند که از این تعداد حدود 100 نفر دستگیر شدند. پس از این شورش، آلمانی ها بساط این مرکز کشتار را جمع کردند و اکثر زندانیان باقیمانده را به ضرب گلوله کشتند. در مجموع، آلمانی ها و نیروهای کمکی آنان حداقل 167 هزار نفر را در سوبیبور به قتل رساندند.