Les enfants furent particulièrement vulnérables pendant la Shoah. Les Allemands et leurs collaborateurs tuèrent au moins 1,5 millions d'enfants, dont plus d'un million d'enfants juifs, des dizaines de milliers d'enfants tsiganes, polonais et d'Union soviétique occupée ainsi que des enfants allemands handicapés physiques et mentaux. Dans les ghettos, les enfants juifs mouraient de faim, de froid ainsi que de manque de soins. Parce que les enfants étaient généralement trop jeunes pour être soumis au travail forcé, ils furent sélectionnés par les autorités allemandes (de même que les personnes âgées, les malades et les handicapés) pour les premières déportations vers les centres de mise à mort ou pour être les premières victimes à être conduites puis abattues dans des fosses communes. A l'arrivée à Auschwitz-Birkenau et dans les autres centres de mise à mort, les autorités du camp envoyaient la majorité des enfants directement dans les chambres à gaz. Dans les camps de concentration, les médecins et les chercheurs SS firent de nombreuses expériences médicales sur des enfants, notamment sur des jumeaux, qui se soldèrent fréquemment par leur mort.

Entre 1938 et 1940, le Kindertransport (le transport d'enfants) fut le nom informel d'une opération de sauvetage qui parvint à mettre en sécurité en Grande-Bretagne des milliers d'enfants juifs réfugiés (sans leurs parents) de l'Allemagne nazie et de ses territoires occupés. Dans toute l'Europe, des non-Juifs cachèrent des enfants juifs et parfois, comme dans le cas d'Anne Frank, cachèrent également d'autres membres de la famille. En mai 1945, après la capitulation de l'Allemagne nazie qui mit fin à la Seconde Guerre mondiale, des réfugiés et des personnes déplacées recherchèrent à travers l'Europe des enfants disparus. Des milliers d'enfants orphelins se retrouvèrent dans des camps pour personnes déplacées.