Pada 19 September 1941, pasukan Jerman memasuki kota Kyiv (Kiev), ibu kota Ukraina. Seiring dengan didudukinya sebagian besar wilayah Ukraina oleh Jerman, kota ini dimasukkan ke dalam Reichskommissariat Ukraine yang telah didirikan pada 1 September di mana Erich Koch menjabat sebagai administrator (Reichskommissar).

Sebelum invasi Jerman, sekitar 160.000 orang Yahudi tinggal di Kyiv. Jumlah ini adalah sekitar 20 persen dari total populasi ibu kota. Menyusul dimulainya Operasi Barbarossa pada Juni 1941, sekitar 100.000 orang Yahudi melarikan diri dari Kyiv atau telah berdinas di militer Soviet. Pada saat Jerman menduduki Kyiv, masih ada sekitar 60.000 orang Yahudi yang tersisa di kota itu, di mana sebagian besar dari mereka tidak mampu atau tidak mau melarikan diri lebih awal. Kebanyakan dari mereka adalah wanita, anak-anak, orang tua dan juga orang sakit.

Pembantaian di Babyn Yar (29–30 September 1941)

Para serdadu yang tak dikenal dari Einsatzgruppe (unit pembantai keliling) C sedang memeriksa barang-barang milik orang Yahudi yang dibantai di

Selama minggu pertama pendudukan Jerman di Kyiv, terjadi dua ledakan besar. Ledakan tersebut menghancurkan markas besar Jerman dan area di sekitar jalan utama pusat kota (Jalan Khreshchatyk). Sejumlah besar tentara dan pejabat Jerman tewas dalam ledakan tersebut. Meskipun ledakan itu disebabkan oleh ranjau yang ditinggalkan oleh tentara dan pejabat Soviet yang bergerak mundur, Jerman menggunakan sabotase tersebut sebagai dalih untuk membantai orang-orang Yahudi yang masih tinggal di Kyiv. 

Pada 29–30 September 1941, SS dan unit polisi Jerman beserta kaki tangannya, berdasarkan petunjuk anggota Einsatzgruppe C, membantai sejumlah besar penduduk Yahudi yang masih tersisa di Kyiv. Pembantaian terjadi di sebuah jurang yang disebut Babyn Yar (kadang-kadang dieja "Babi Yar" dalam bahasa Inggris). Pada waktu itu, jurang tersebut terletak di luar kota. 

Para korban dipanggil ke lokasi, dipaksa untuk melepaskan pakaian dan kemudian dipaksa masuk ke jurang. Sonderkommando 4a, sebuah detasemen khusus dari Einsatzgruppe C di bawah SS-Standartenführer Paul Blobel, menembak mati mereka dalam kelompok-kelompok kecil. Menurut laporan yang dikirim ke markas besar Einsatzgruppen di Berlin, 33.771 orang Yahudi dibantai selama periode dua hari ini. 

Pembantaian di Babyn Yar merupakan salah satu dari banyak penembakan massal yang dilakukan oleh Jerman Nazi mulai tahun 1941. Ini juga merupakan salah satu pembantaian massal terbesar di satu lokasi selama Perang Dunia II. 

Penembakan Massal Lainnya di Babyn Yar (1941–1943)

Jurang di Babyn Yar merupakan tempat pembantaian selama dua tahun setelah pembantaian September 1941. Di sana, orang Jerman yang ditempatkan di Kyiv membantai puluhan ribu orang, baik orang Yahudi maupun non-Yahudi. Kelompok orang lainnya yang dibantai di Babyn Yar meliputi pasien dari rumah sakit jiwa setempat, orang Roma (Gipsi), tawanan perang Soviet dan warga sipil.  

Pembantaian di jurang Babyn Yar berlanjut hingga musim gugur 1943, hanya beberapa hari sebelum Soviet mengambil alih kembali Kyiv pada 6 November.

Diperkirakan sekitar 100.000 orang, Yahudi dan non-Yahudi, dibantai di Babyn Yar.

Upaya untuk Menutupi Kejahatan (Agustus 1943)

Seiring dengan makin mendekatnya Tentara Merah ke Kyiv pada Agustus 1943, Jerman memulai operasi penyamaran untuk menyembunyikan peristiwa yang telah terjadi di Babyn Yar. Untuk melakukannya, mereka menggunakan tahanan yang ditahan di kamp konsentrasi Syrets yang terletak di dekat jurang Babyn Yar. Kamp Syrets didirikan oleh Jerman pada Mei 1942. Kamp ini berfungsi untuk menahan tawanan perang Soviet, partisan dan orang Yahudi yang selamat dari aksi massa pada akhir September 1941.

Untuk menutupi penembakan massal yang terjadi di Babyn Yar, Jerman memerintahkan 321 tahanan dari Syrets untuk menggali kuburan massal dan membakar jenazah korban. Delapan belas tahanan yang melarikan diri ke tempat persembunyian bersaksi tentang kejahatan itu kepada otoritas Soviet pada November 1943.

Keadilan Pascaperang

Pada Januari 1946, 15 anggota polisi Jerman diadili di Kyiv atas kejahatan yang dilakukan di Babyn Yar. Dina Pronicheva, seorang Yahudi yang selamat dari pembantaian September itu, bersaksi di depan pengadilan Soviet. Dalam salah satu kesaksian pascaperangnya secara tertulis, Pronicheva menggambarkan apa yang dilihatnya di Babyn Yar:

Setiap kali aku selalu melihat sekelompok baru pria dan wanita, orang tua, dan anak-anak yang dipaksa untuk melepaskan pakaian mereka. Semua [mereka] dibawa ke lubang terbuka di mana mereka ditembaki dengan pistol mitraliur. Selanjutnya kelompok lainnya didatangkan …. Dengan mata kepalaku sendiri aku melihat peristiwa mengerikan ini. Meskipun aku tidak berdiri di dekat lubang, tangisan memilukan dari orang-orang yang panik dan suara anak-anak yang memanggil pelan "Ibu, ibu ..." terdengar olehku.1

Pada 1947, Paul Blobel diadili di depan pengadilan militer Amerika di Nuremberg. Dia merupakan komandan Sonderkommando 4a, unit Einsatzgruppe yang bertanggung jawab atas pembantaian orang Yahudi pada September 1941 di Babyn Yar. Blobel merupakan salah satu dari 24 terdakwa di Persidangan Einsatzgruppen dan mengaku tidak bersalah. Argumen pembelaannya adalah bahwa dia sekadar mengikuti perintah. Meskipun demikian, Blobel diputuskan bersalah dan dijatuhi hukuman mati. Dia digantung di penjara Landsberg pada 8 Juni 1951.

Aktivitas Einsatzgruppen di Ukraina

Pada 1959, Erich Koch, yang pernah menjabat sebagai Reichskommissar di Ukraina, diadili dan dijatuhi hukuman mati oleh pengadilan Polandia atas kejahatan yang dilakukan di wilayah pendudukan Polandia selama Perang Dunia II. Dia tidak pernah diadili atau diputuskan bersalah atas kejahatan perangnya di wilayah pendudukan Ukraina. Karena kesehatannya yang buruk, hukuman Koch diringankan menjadi penjara seumur hidup. Dia meninggal karena penyebab wajar di selnya di penjara Barczewo di Polandia pada 12 November 1986. 

Peringatan Pascaperang

Dalam beberapa dekade setelah perang, Babyn Yar menjadi simbol perjuangan untuk mengenang Perang Dunia II dan Holocaust di Uni Soviet. Meskipun banyak upaya yang telah dilakukan, tidak ada memorial di lokasi tersebut sampai Soviet mendirikan sebuah monumen pada 1976. Memperkecil arti tragedi Yahudi di Babyn Yar, teks di monumen itu merujuk kepada ribuan korban sipil tanpa menunjukkan bahwa sebagian besar dari mereka adalah orang Yahudi.

Ketika Uni Soviet bubar setelah deklarasi kemerdekaan Ukraina pada Agustus 1991, sebuah monumen berbentuk Menorah untuk para korban Yahudi di Babyn Yar didirikan pada 29 September, sebagai peringatan 50 tahun atas penembakan massal yang terjadi di sana.