Dnia 19 września 1941 r. wojska niemieckie wkroczyły do Kijowa, stolicy Ukrainy. Wraz z dużą częścią okupowanej przez Niemców Ukrainy miasto zostało włączone do utworzonego 1 września Komisariatu Rzeszy Ukraina (Reichskommissariat Ukraine), którym zarządzał Reichskommissar Erich Koch.

Przed niemiecką inwazją w Kijowie mieszkało około 160 000 Żydów. Stanowili oni około 20% ogółu mieszkańców stolicy. Po rozpoczęciu operacji „Barbarossa” w czerwcu 1941 r. około 100 000 Żydów uciekło z Kijowa lub służyło już w wojsku radzieckim. Do czasu zajęcia Kijowa przez Niemców w mieście pozostało około 60 000 Żydów. Większość z tych, którzy pozostali, nie mogła lub nie chciała uciec wcześniej. Były to głównie kobiety, dzieci, osoby starsze i chore.

Masakra w Babim Jarze (29–30 września 1941 r.)

W pierwszym tygodniu okupacji niemieckiej w Kijowie doszło do dwóch dużych eksplozji. Eksplozje te zniszczyły niemiecką kwaterę główną oraz tereny wokół głównej ulicy centrum miasta (ul. Chreszczatyk). W eksplozjach zginęło wielu niemieckich żołnierzy i urzędników. Mimo że eksplozje były spowodowane minami pozostawionymi przez wycofujących się żołnierzy i urzędników radzieckich, Niemcy wykorzystali sabotaż jako pretekst do wymordowania tych Żydów, którzy pozostali w Kijowie. 

W dniach 29–30 września 1941 r. jednostki SS i policji niemieckiej oraz ich oddziały pomocnicze, pod kierownictwem członków Einsatzgruppe C, wymordowały znaczną liczbę ludności żydowskiej pozostałej w Kijowie. Do masakry doszło w wąwozie Babi Jar. W tamtym czasie wąwóz ten znajdował się tuż za miastem. 

Ofiary zostały wezwane na miejsce, zmuszone do rozebrania się, a następnie do wejścia do wąwozu. Sonderkommando 4a, specjalny oddział z Einsatzgruppe C pod dowództwem SS-Standartenführer Paula Blobela, rozstrzeliwało je w małych grupach. Według raportów przesyłanych do centrali Einsatzgruppen w Berlinie, w ciągu tych dwóch dni zamordowano 33 771 Żydów. 

Masakra w Babim Jarze była jednym z wielu masowych rozstrzelań dokonanych przez nazistowskie Niemcy począwszy od 1941 r. Była to również jedna z największych masowych egzekucji dokonanych w jednym miejscu w czasie II wojny światowej. 

Pozostałe masowe rozstrzelania w Babim Jarze (1941–1943)

Mapa zatytułowana „Egzekucje Żydów wykonywane przez Einsatzgruppe A”

Wąwóz Babi Jar był miejscem kaźni jeszcze przez dwa lata po masakrze we wrześniu 1941 r. Niemcy stacjonujący w Kijowie zamordowali tam dziesiątki tysięcy ludzi, zarówno Żydów, jak i nie-Żydów. W Babim Jarze zginęli również pacjenci miejscowego szpitala psychiatrycznego, Romowie, jeńcy radzieccy i cywile.  

Morderstwa w wąwozie Babi Jar trwały do jesieni 1943 r., kończąc się zaledwie kilka dni przed ponownym przejęciem kontroli nad Kijowem przez Sowietów, które nastąpiło 6 listopada.

Szacuje się, że w Babim Jarze zamordowano około 100 000 osób, Żydów i nie-Żydów.

Próby zatuszowania zbrodni (sierpień 1943 r.)

W sierpniu 1943 r., gdy Armia Czerwona zbliżała się do Kijowa, Niemcy rozpoczęli operację mającą na celu ukrycie tego, co wydarzyło się w Babim Jarze. W tym celu wykorzystali więźniów obozu koncentracyjnego w Syreci, położonego w pobliżu wąwozu Babi Jar. Obóz Syreć został założony przez Niemców w maju 1942 r. Internowano do niego radzieckich jeńców wojennych, partyzantów i Żydów, którzy przeżyli masowe akcje z końca września 1941 r.

Aby ukryć masowe rozstrzelania w Babim Jarze, Niemcy nakazali 321 więźniom z Syreci rozkopać masowe groby i spalić szczątki ofiar. Osiemnastu więźniów, którzy zbiegli i ukryli się, zeznało o tych zbrodniach przed władzami radzieckimi w listopadzie 1943 r.

Powojenna sprawiedliwość

W styczniu 1946 r. w Kijowie odbył się proces 15 członków niemieckiej policji za zbrodnie popełnione w Babim Jarze. Dina Pronicheva, Żydówka ocalała z wrześniowej masakry, zeznawała przed radzieckim sądem. W jednym ze swoich powojennych pisemnych zeznań Pronicheva opowiedziała o tym, co widziała w Babim Jarze:

Za każdym razem widziałam nową grupę mężczyzn i kobiet, ludzi starszych i dzieci, których zmuszano do rozebrania się. Wszyscy byli kierowani do otwartego dołu, gdzie strzelano do nich z karabinów maszynowych. Potem przywożono kolejną grupę… Na własne oczy widziałem ten horror. Chociaż nie stałam w pobliżu dołu, docierały do mnie straszliwe krzyki spanikowanych ludzi i ciche głosy dzieci wołających „Mamo, mamo…”.1

W 1947 r. Paul Blobel został postawiony przed amerykańskim trybunałem wojskowym w Norymberdze. Był on dowódcą Sonderkommando 4a, jednostki Einsatzgruppe odpowiedzialnej za masakrę Żydów w Babim Jarze we wrześniu 1941 r. Blobel był jednym z 24 oskarżonych w procesie Einsatzgruppen i nie przyznał się do winy. Jego obrona twierdziła, że po prostu wykonywał rozkazy. Mimo to Blobel został uznany winnym i skazany na śmierć. Został powieszony 8 czerwca 1951 r. w więzieniu w Landsbergu.

W 1959 r. Erich Koch, który pełnił funkcję Reichskommissara w Ukrainie, został osądzony i skazany przez polski sąd na karę śmierci za zbrodnie popełnione w okupowanej Polsce podczas II wojny światowej. Nigdy nie został osądzony ani skazany za zbrodnie wojenne popełnione w okupowanej Ukrainie. Ze względu na zły stan zdrowia wyrok Kocha zamieniono na dożywocie. Zmarł z przyczyn naturalnych w celi więziennej w więzieniu w Barczewie w Polsce 12 listopada 1986 r. 

Powojenne upamiętnienie

W pierwszych dziesięcioleciach po wojnie Babi Jar stał się symbolem walki o pamięć o II wojnie światowej i Holokauście w Związku Radzieckim. Pomimo wielu starań, w miejscu tym nie było żadnego upamiętnienia, aż do czasu, gdy Sowieci postawili pomnik w 1976 r. Tekst na pomniku, umniejszając tragedię Żydów w Babim Jarze, mówił o tysiącach cywilnych ofiar, nie wskazując, że większość z nich to Żydzi.

Gdy Związek Radziecki rozpadał się w następstwie ogłoszenia niepodległości przez Ukrainę w sierpniu 1991 r., 29 września, w 50. rocznicę masowego rozstrzelania, wzniesiono pomnik w kształcie menory poświęcony żydowskim ofiarom Babiego Jaru.