Em 19 de setembro de 1941, as forças alemãs invadiram a cidade de Kiev, capital da Ucrânia. Juntamente com uma grande parte daquele país já ocupado pela Alemanha, a cidade foi incorporada ao Reichskommissariat Ukraine, que havia sido estabelecido no dia 1 de setembro, tendo Erich Koch como administrador (Reichskommissar).

Antes da invasão alemã, cerca de 160.000 judeus residiam em Kiev, formando  aproximadamente 20% da população total da capital. Após o início da Operação Barbarossa em junho de 1941, cerca de 100.000 judeus fugiram de Kiev ou já haviam de lá saído por estarem servindo ao exército soviético. No momento em que os alemães ocuparam Kiev, existiam cerca de 60.000 judeus remanescentes naquela cidade. A maioria daqueles que ficaram não pôde ou não quis fugir mais cedo. Os que ficaram eram, em sua maioria, mulheres, crianças, idosos e enfermos.

O Massacre em Babyn Yar (29 e 30 de setembro de 1941)

Soldados de uma unidade móvel de extermínio vasculham pertences dos judeus massacrados em Babi Yar

Durante a primeira semana da ocupação alemã em Kiev, foram ouvidos os ruídos de duas enormes explosões. Elas destruíram os quartéis-generais alemães e áreas em torno da avenida principal do centro da cidade (rua Khreshchatyk). Um grande número de soldados e oficiais alemães morreram como consequência das  explosões. Apesar delas haverem sido causadas por minas deixadas por soldados e oficiais soviéticos em retirada, os alemães usaram o fato como pretexto para assassinar os judeus que ainda permaneciam em Kiev. 

Em 29 e 30 de setembro de 1941, unidades das SS e da polícia alemã com suas auxiliares, sob o comando de membros do Einsatzgruppe C, assassinaram uma parte significativa da população judaica que havia permanecido em Kiev. O massacre ocorreu em um desfiladeiro chamado Babyn Yar (às vezes escrito como "Babi Yar" em inglês e português). Naquele tempo, o desfiladeiro encontrava-se  localizado junto à saída da cidade. 

As vítimas foram levadas ao local, forçadas a se despir, e então obrigadas a adentrar o desfiladeiro. O Sonderkommando 4a, um destacamento especial do Einsatzgruppe C sob comando do Standartenführer das SS, Paul Blobel, passou a atirar nas vítimas em pequenos grupos. De acordo com os relatórios enviados ao quartel-general dos Einsatzgruppen em Berlim, 33.771 judeus foram massacrados durante aquele período de dois dias. 

O massacre em Babyn Yar foi um dos muitos fuzilamentos em massa perpetrados pelos alemães nazistas no início de 1941. Ele foi, também, foi um dos maiores assassinatos em massa concentrados em um único local durante a Segunda Guerra Mundial. 

Outros Fuzilamentos em Massa em Babyn Yar (1941 a 1943)

O desfiladeiro em Babyn Yar foi transformado em um campo de extermínio por dois anos após o massacre de setembro de 1941. Naquele local, tropas alemãs posicionadas em Kiev assassinaram dezenas de milhares de pessoas, tanto judeus quanto membros de outros grupos sociais, tais como pacientes de um hospital psiquiátrico local, romanis (ciganos), civis e prisioneiros de guerra soviéticos.  

Os assassinatos no desfiladeiro de Babyn Yar continuaram até o outono de 1943, apenas alguns dias após os soviéticos retomarem o controle de Kiev em 6 de novembro.

É estimado que cerca de 100.000 pessoas, judeus e membros de outros grupos sociais, foram assassinados em Babyn Yar.

Tentativas de Acobertar o Crime (Agosto de 1943)

Em agosto de 1943, com o Exército Vermelho se aproximando de Kiev, os alemães iniciaram uma operação de acobertamento para esconder o que se passava em Babyn Yar. Para tal, utilizaram prisioneiros que estavam presos no campo de concentração de Syrets, localizado próximo ao desfiladeiro de Babyn Yar. O campo de Syrets foi construído pelos alemães em maio de 1942. Seu propósito era o de internar prisioneiros de guerra soviéticos, seus apoiadores e os judeus que haviam sobrevivido às ações do assassinato em massa de setembro de 1941.

Para acobertar os fuzilamentos em massa ocorridos em Babyn Yar, os alemães ordenaram que 321 prisioneiros de Syrets cavassem valas comuns, e queimassem os restos mortais das vítimas. Dezoito detentos que escaparam e se esconderam, posteriormente testemunharam sobre os crimes às autoridades soviéticas em novembro de 1943.

A Justiça no Pós-Guerra

Em janeiro de 1946, quinze membros da polícia alemã foram condenados em Kiev pelos crimes cometidos em Babyn Yar. Dina Pronicheva, uma sobrevivente judia do massacre de setembro, foi testemunha do que havia ocorrido e depôs perante uma corte soviética. Em um de seus depoimentos, escrito após a Guerra, Pronicheva descreveu o que viu em Babyn Yar:

“Vi, por diversas vezes, novos grupos de homens e mulheres, idosos e crianças sendo forçados a tirar suas roupas. Todos [eles] eram levados a uma fossa já aberta onde soldados com submetralhadoras atiravam neles. E então, chegava a vez de mais um grupo novo... Com meus próprios olhos, eu vi esse horror. Apesar de não estar próxima do abismo, gritos horríveis de pessoas em pânico e vozes silenciosas de crianças chamando "mamãe, mamãe..." chegavam até mim”.1

Em 1947, Paul Blobel foi condenado pelo tribunal militar estadunidense em Nuremberg. Ele era o comandante do Sonderkommando 4a, a unidade do Einsatzgruppe responsável pelo massacre dos judeus em setembro de 1941 em Babyn Yar. Blobel era um dentre os vinte e quatro réus no julgamento dos Einsatzgruppen e se declarou como inocente, sua defesa argumentou que ele estava simplesmente seguindo ordens. Todavia, Blobel foi condenado e sentenciado à morte. Ele foi enforcado na prisão de Landsberg em 8 de junho de 1951.

Julgamento dos membros das Unidades Móveis de Extermínio (Einsatzgruppen)

Em 1959, Erich Koch, que serviu como o Reichskommissar na Ucrânia, foi julgado e sentenciado à morte por uma corte polonesa por crimes cometidos na área da Polônia ocupada pela Alemanha durante a Segunda Guerra Mundial. No entanto, ele nunca chegou a ser julgado ou condenado pelos crimes de guerra que cometeu na Ucrânia ocupada pelos nazistas. Devido à sua saúde debilitada, a sentença de Koch foi comutada para prisão perpétua. Ele morreu de causas naturais em sua cela na prisão de Barczewo, na Polônia, em 12 de novembro de 1986. 

Memorialização no Pós-Guerra

Nas décadas seguintes à Guerra, Babyn Yar tornou-se um símbolo das lutas pela manutenção da memória das atrocidades cometidas pelos alemães durante a Segunda Guerra Mundial e do Holocausto na União Soviética. Apesar de muitos esforços neste sentido, não existiu um memorial naquele local até que os soviéticos lá instalassem um monumento em 1976. Numa tentativa de apagar a ênfase da tragédia judaica de Babyn Yar, o texto escrito no monumento se refere a milhares de vítimas civis, sem indicar que a grande maioria delas eram judias.

Conforme a União Soviética se dissolvia, logo após a declaração de independência da Ucrânia em agosto de 1991, foi erguido um monumento com formato de Menorá [candelabro judaico de sete braços] para memorializar as vítimas judias de Babyn Yar ,no dia 29 de setembro, no quinquagésimo aniversário do fuzilamento em massa original.