1941. szeptember 19-én a német hadsereg bevonult Kijevbe, Ukrajna fővárosába. Az ország többi elfoglalt részével együtt Kijev is a szeptember 1-jén létrehozott Reichskommissariat Ukraine része lett, amelynek parancsnokává (Reichskommissar) Erich Kochot nevezték ki.

A német invázió előtt mintegy 160 ezer zsidó élt Kijevben, a főváros lakosságának közel 20%-át tették ki. A Barbarossa-hadművelet 1941. júniusi kezdetét követően körülbelül 100 ezer zsidó menekült el a városból, sokan pedig már korábban beléptek a szovjet hadseregbe. Amikor a németek elfoglalták Kijevet, még mindig mintegy 60 ezer zsidó volt a városban. Főként azok maradtak, akik nem tudtak vagy nem akartak elmenekülni: elsősorban nők, gyermekek, idősek és betegek.

A Babij Jar-i mészárlás (1941. szeptember 29–30.)

Az Einsatzgruppe (mozgó kivégzőosztag) C azonosítatlan egységeihez tartozó katonák a Kijev közeli Babi Yar szakadékban lemészárolt zsidók tárgyai között kutatnak.

A német megszállás első hetében két nagy robbanás rázta meg Kijevet A robbanás következtében megsemmisült a német főhadiszállás és a városközpont fő utcáját (a Krescsatyik-utcát) övező terület, valamint sok német katona és hivatalnok életét vesztette. A robbanásokat a visszavonuló szovjet katonák által hátrahagyott aknák okozták, de a németek szabotázst használtak ürügyként, hogy megöljék a Kijevben maradt zsidó lakosságot. 

1941. szeptember 29-én és 30-án az SS, a német rendőri egységek és segítőik az Einsatzgruppe C irányításával megölték a Kijevben maradt zsidók nagy részét. A gyilkosságokra a Babij Jar (ukránul Babin Jar) nevű szurdokban került sor, amely abban az időben a város határában húzódott. 

A helyszínre rendelt áldozatoknak megparancsolták, hogy vetkőzzenek le, majd menjenek le a mély árokba. Az Einsatzgruppe C egyik különleges alakulata az SS-Standartenführer Paul Blobel által vezetett Sonderkommando 4a kis csoportokba bontva lőtte agyon a zsidó áldozatokat. Az Einsatzgruppen berlini főhadiszállására küldött jelentések szerint a két napon át tartó tömeggyilkosság során 33 771 zsidót öltek meg. 

A Babij Jar-i mészárlás csupán egy volt a náci németek által 1941-ben végrehajtott nagyszámú tömeggyilkosságok közül ugyanakkor a második világháború alatt kevés más olyan eset volt, ahol egyetlen helyen ennyi embert öltek meg. 

További tömegmészárlások Babij Jarban (1941–1943)

A németek az 1941 szeptemberében végrehajtott mészárlást követően még két évig kivégzőhelyként használták a Babij Jar-szurdokot. A Kijevben állomásozó erőik több tízezer embert öltek meg itt, mind zsidókat, mind nem zsidókat, például a helyi pszichiátriai intézet betegeit, romákat (cigányokat), szovjet hadifoglyokat és civileket.  

A Babij Jar-i gyilkosságok egészen 1943 őszéig folytatódtak, amikor a szovjetek november 6-án visszafoglalták Kijevet.

Becslések szerint mintegy 100 ezer zsidó és nem zsidó lelte halálát a Babij Jar-i szurdokban.

A bűntett elrejtésére tett kísérletek (1943. augusztus)

1943 augusztusában, amikor a Vörös Hadsereg már Kijev közelében járt, a németek elhatározták, hogy megpróbálják elrejteni a Babij Jarban történteket. A Babij Jar-szurdok közelében fekvő Syrets koncentrációs táborban raboskodókat használták fel céljaikhoz. A Syrets tábort a németek 1942 májusában hozták létre. Szovjet hadifoglyokat, partizánokat és az 1941 szeptemberének végén elkövetett tömegmészárlásokat túlélő zsidókat deportáltak ide.

A Babij Jar-i tömegmészárlások elrejtésére a németek megparancsolták a Syrets tábor 321 foglyának, hogy ássák ki a tömegsírokat, és égessék el az áldozatok maradványait. A foglyok közül tizennyolcan el tudtak menekülni, bujkálást követően 1943 novemberében tanúvallomást tettek a nácik által elkövetett bűntettekről a szovjet hatóságoknak.

A háborút követő igazságtétel

1946 januárjában a német rendőrség 15 tagját perbe fogták Kijevben a Babij Jarban elkövetett bűnökért. Dina Pronicheva, a szeptemberi mészárlás egyik túlélője is tanúskodott a szovjet bíróság előtt. A háborút követő egyik írásos tanúságtételében Pronicheva a következőképpen számolt be a Babij Jarban átéltekről:

Újabb és újabb csoportok érkeztek, férfiak és nők, öregek és gyermekek, és mindenkinek megparancsolták, hogy vessék le a ruháikat. Az előre kiásott gödrökhöz vezették őket, ahol géppuskások vártak rájuk, és lelőtték őket. Aztán újabb csoport érkezett... A saját szememmel láttam ezeket a borzalmakat. Ugyan messzebb helyezkedtem el a gödörtől, de a rémült emberek szörnyűséges kiáltásai így is elértek hozzám, ahogyan a gyermekek csendes nyögései is, akik kétségbeesve hívták az anyjukat.1

1947-ben Paul Blobel a nürnbergi amerikai hadbíróság előtt felelhetett tetteiért. Ő volt a Sonderkommando 4a vezetője – elsősorban ez az Einsatzgruppe-osztag volt a felelős a zsidók ellen Babij Jarban 1941 szeptemberében elkövetett atrocitásokért. Blobel egyike volt a Kivégzőosztagok pereként ismert eljárás 24 vádlottjának. Azt vallotta: nem bűnös. Védői arra hivatkoztak, hogy Blobel csupán parancsot teljesített. Bűnösnek találták, és halálra ítélték. 1951. június 8-án a landsbergi börtönben felakasztották.

Kivégzőosztagok pere: Az amerikai vád elítéli a népirtást

1959-ben Erich Koch, az ukrajnai német Reichskommissar is bíróság elé állt: a Lengyelországban lefolytatott per végén őt is halálra ítélték a második világháborús megszállás során elkövetett bűnökért. Az Ukrajna elfoglalását követő bűntetteiért sosem fogták perbe, így nem is ítélhették el. Rossz egészségi állapota miatt Koch ítéletét életfogytiglani börtönbüntetésre módosították. 1986. november 12-én természetes halállal halt meg a barczewói börtönben. 

A mészárlás háborút követő emlékezete

A háborút követő években Babij Jar a II. világháború és a holokauszt emlékezetét kísérő küzdelmek szimbólumává vált a Szovjetunióban. Többek igyekezete ellenére a szovjetek egészen 1976-ig nem állítottak emlékművet a helyszínen, amelynek szövege igyekezett elterelni a figyelmet a zsidók tragédiájáról, és csupán több ezer civil áldozatról szólt, nem említve, hogy ezek döntő többsége zsidó volt.

Miután a Szovjetunió felbomlott, és Ukrajna 1991 augusztusában kikiáltotta függetlenségét, szeptember 29-én, a tömegmészárlás 50. évfordulóján a gyilkosságok zsidó áldozatainak emlékére egy menóra alakú emlékművet állítottak Babij Jarban.