ホロコースト時代、子供たちは特に弱い立場にありました。ドイツ軍とその協力者は150万人もの子供たちを殺害しました。この中には、100万人以上のユダヤ人のほか、数万人のロマ族(ジプシー)、施設に入居していた身体障害者または精神障害者のドイツ人、ポーランド人、そして占領下のソ連に住んでいた子供たちが含まれます。ゲットーでは、ユダヤ人の子供たちは飢えや病気のほか、十分な衣服や住まいが不足していたために命を落としました。子供たちは一般的に強制労働の対象としては幼すぎたため、ドイツ当局はこれらの子供たちを年配者、病人、障害者と共に、絶滅収容所に送り込む最初の対象者として、または集団墓地で射殺する最初の犠牲者として選別したのです。アウシュビッツ・ビルケナウ収容所をはじめとする絶滅収容所に到着した大部分の子供たちは、そのままガス室に送られました。強制収容所では、親衛隊の医師や医学研究者が双子を含む多くの子供たちを人体実験に使用し、その結果これらの子供たちの多くは死亡しました。

1938年から1940年にかけて、数千人ものユダヤ人難民の子供たちたちをナチスドイツやドイツ軍占領地区から英国内の安全な場所に避難させる、キンダートランスポルト(子供の輸送)という救援活動が行われました。ヨーロッパ全域で、ユダヤ人以外の人々の中には、ユダヤ人の子供たちをかくまったり、アンネ・フランクの場合のように家族全員をかくまったりする者もいました。1945年5月にナチスドイツが降伏し、第二次世界大戦が終結した後、難民たちはヨーロッパ中で行方不明になった子供たちを探し始めました。数千人の孤児は難民キャンプに収容されました。