على الرغم من أن اليهود كانوا ضحايا النازية الرئيسيين، فإنهم قاوموا الاضطهاد بأساليب عدة، سواء بصورة جماعية أو فردية. وكانت المقاومة المسلحة المنظمة أكثر أشكال المعارضة اليهودية قوةً تجاه السياسات النازية في المناطق الأوروبية التي تقع تحت الاحتلال الألماني. وأبدى المدنيون اليهود مقاومة مسلحة في أكثر من 100 حي يهودي في بولندا والاتحاد السوفيتي المحتلتين. وفي أكثر هذه الحالات شهرةً، انتفض اليهود المقيمون في حي وارصوفيا اليهودي في ثورة مسلحة خلال الفترة ما بين أبريل وحتى مايو 1943، هاجموا فيها الدبابات الألمانية باستخدام زجاجات حارقة وقنابل يدوية وعدد قليل من الأسلحة الصغيرة. وقد استغرق الأمر شهرًا تقريبًا قبل أن تتمكن القوات الألمانية من قمع الثورة نهائيًا. كما انتفض السجناء اليهود ضد حراسهم في ثلاثة مراكز للقتل. إذ هاجم سجناء مسلحون بأسلحة مسروقة الأفراد القائمين على أعمال الحراسة في محتشد تريبلينكا في أغسطس عام 1943 وفي محتشد سوبيبور في أكتوبر 1943. وقتل الألمان والمتعاونون معهم معظم المتمردين. وفي أكتوبر عام 1944، ثار السجناء ضد الحراس في محتشد أوشفيتز-بيركناو. وتوفي حوالي 250 سجينًا أثناء القتال؛ كما أطلقت القوات الخاصة الألمانية النار على 200 آخرين بعد قمع التمرد.

وفي العديد من البلدان المحتلة من قِبل ألمانيا أو المتحالفة معها، أخذت المقاومة اليهودية في كثير من الأحيان شكل تقديم المساعدات والإنقاذ. فعبر المناطق الأوروبية التي تقع تحت وطأة الاحتلال الألماني، عمل اليهود على مساعدة يهود آخرين للعثور على مخابئ أو طعام والحصول على أوراق هوية مزورة لإنقاذ حياتهم. في عام 1944، أرسلت السلطات اليهودية الموجودة في فلسطين مجموعة سرية من جنود المظلات إلى المجر وسلوفاكيا وذلك لمساعدة اليهود على الاختباء. وخاض عشرات الآلاف من اليهود قتالاً بوصفهم أعضاء في حركات المقاومة في بلجيكا وفرنسا وإيطاليا وبولندا ويوغوسلافيا واليونان وسلوفاكيا وكذلك مع وحدات مقاتلة موالية للاتحاد السوفيتي. كما رد اليهود المقيمون في الأحياء اليهودية والمحتشدات أيضًا على الاضطهاد النازي من خلال أشكال مختلفة من المقاومة المعنوية. وقاموا بمحاولات واعية للحفاظ على التاريخ والحياة المجتمعية للشعب اليهودي. وشملت هذه الجهود ما يلي: إنشاء مؤسسات ثقافية يهودية والاستمرار في الاحتفال بالأعياد والشعائر الدينية وتوفير التعليم السري ونشر الصحف السرية وجمع الوثائق وإخفائها.