虽然犹太人是纳粹暴政的主要受害者，但他们同样会通过集体或个人的力量，以各种方式反抗纳粹的压迫。犹太人在被德国占领的欧洲大陆上反抗纳粹暴行，最强有力的形式便是有组织地进行武装斗争。犹太平民在波兰和苏联被占领土上的 100 多个隔都参与了武装抵抗运动。其中最著名的一次是 1943 年 4 月到 5 月华沙隔都的犹太人发动武装起义，起义者用燃烧弹、手榴弹和一些小型武器攻击德军坦克。德军花了将近一个月才完全平息叛乱。三个屠杀中心的犹太囚犯也发动过起义对抗看守。1943 8 月在特雷布林卡 (Treblinka)，1943 年 10 月在索比堡 (Sobibor)，囚犯们都用偷来的武器袭击了看守集中营的士兵。德国人及其党羽杀害了大部分叛乱者。1944 年 10 月，奥斯威辛-比克瑙 (Auschwitz-Birkenau) 的囚犯发动了针对看守的起义。大约 250 名囚犯在交火中丧生；党卫军在暴动平息后射杀了其余 200 人。

在被德国占领或与德国结盟的很多国家，犹太抵抗运动通常采取援助和营救的形式。在德国统治下的欧洲各地，一些犹太人曾帮助其他犹太人寻找藏身之处或食物，以及获取用来保命的假身份证。1944 年巴勒斯坦的犹太当局秘密派遣伞兵进入匈牙利和斯洛伐克，帮助犹太人躲藏。数万名犹太人加入了比利时、法国、意大利、波兰、南斯拉夫、希腊以及斯洛伐克的全国性抵抗运动或苏联游击队。隔都和集中营中的犹太人还在精神上对抗纳粹的压迫。他们想尽各种办法保全自己的历史和公共生活。例如：创办犹太文化协会；继续庆祝宗教节日并举行宗教仪式；秘密地开展教育；出版地下报刊；收集和珍藏档案记录等。