Si bien los judíos fueron las principales víctimas de los nazis, también resistieron la opresión de diversas maneras, tanto en forma colectiva como individual. La resistencia armada organizada fue la forma más contundente de oposición judía a las políticas nazis en la Europa ocupada por los alemanes. Los civiles judíos se resistieron con armas en más de 100 ghettos en la Polonia y la Unión Soviética bajo ocupación. En el caso más famoso, en abril y mayo de 1943, los judíos del ghetto de Varsovia se levantaron en armas y atacaron tanques alemanes con bombas molotov, granadas de mano y un puñado de armas de pequeño calibre. A las fuerzas alemanas les llevó casi un mes sofocar completamente la rebelión. Los prisioneros judíos también se sublevaron contra los guardias en tres centros de exterminio. En Treblinka, en agosto de 1943, y en Sobibor, en octubre de 1943, los prisioneros atacaron con armas robadas al personal del campo. Los alemanes y sus auxiliares mataron a la mayoría de los rebeldes. En octubre de 1944, en Auschwitz Birkenau, los prisioneros se rebelaron contra los guardias. Aproximadamente 250 prisioneros murieron durante el combate, y los guardias de las SS fusilaron a otros 200 prisioneros después de sofocar el motín.

En muchos otros países ocupados por los alemanes o por sus aliados, la resistencia judía se manifestaba frecuentemente en la ayuda y el rescate. En los países europeos bajo ocupación alemana, los judíos ayudaban a que otros judíos encontraran escondites o comida, y a que obtuvieran documentos de identidad falsos que les permitieran sobrevivir. En 1944 las autoridades judías de Palestina enviaron paracaidistas clandestinos a Hungría y Eslovaquia para ayudar a los judíos que estaban ocultos. Decenas de miles de judíos lucharon como miembros de los movimientos de resistencia nacional en Bélgica, Francia, Italia, Polonia, Yugoslavia, Grecia y Eslovaquia, y también con los grupos de la resistencia soviética. Los judíos de los ghettos y los campos también respondieron a la opresión nazi con diversas maneras de resistencia espiritual. Hicieron esfuerzos conscientes para preservar la historia y la vida comunitaria del pueblo judío. Entre ellos se pueden mencionar: la creación de instituciones culturales judías, la continuidad de la observancia de festividades y rituales religiosos, la educación clandestina, la publicación de un periódico clandestino, y la recopilación y el ocultamiento de documentación.