هرچند که یهودیان قربانیان اصلی نازی ها بودند، اما به شیوه های گوناگون- هم به صورت جمعی و هم فردی- در برابر ظلم و ستم نازی ها مقاومت می کردند. مقاومت مسلحانه سازمان یافته، مؤثرترین شکل مخالفت یهودیان با سیاست های نازی ها در اروپای تحت اشغال آلمان بود. شهروندان یهودی در بیش از 100 محله یهودی نشین در لهستان اشغالی و اتحاد جماهیر شوروی مقاومت مسلحانه کردند که معروفترین آن در آوریل و مه 1943 در گتوی ورشو رخ داد. یهودیان این گتو طی یک قیام مسلحانه با کوکتل مولوتف، نارنجک های دستی و چند سلاح کوچک به تانک های آلمانی حمله کردند. حدود یک ماه طول کشید تا نیروهای آلمانی ها موفق شدند بطور کامل این شورش را سرکوب کنند. زندانیان یهودی نیز در سه مرکز کشتار علیه نگهبانان خود به مبارزه پرداختند. در اوت 1943 در تربلینکا و در اکتبر 1943 در سوبیبور، زندانیان با سلاح های مسروقه به پرسنل اردوگاه حمله کردند. آلمانی ها و نیروهای کمکی آنها اکثر شورشیان را کشتند. در اکتبر 1944، زندانیان در آشویتس- برکناو علیه نگهبانان شورش کردند. حدود 250 نفر در طول این درگیری جان خود را از دست دادند؛ گارد اس اس 200 نفر دیگر را پس از سرکوب این شورش تیرباران کردند.

در بسیاری از کشورهای تحت اشغال یا متحد با آلمان، مقاومت یهودیان اغلب به شکل کمک رسانی و نجات بود. در سرتاسر اروپای اشغالی، یهودیان به دیگر هم کیشان خود در یافتن مخفیگاه، غذا و همچنین کسب اوراق هویت جعلی که می توانست موجب نجات زندگی آنان شود کمک می کردند. در سال 1944، مقامات یهودی در فلسطین به صورت مخفیانه چتربازان را به مجارستان و اسلوواکی فرستادند تا به یهودیانی که در خفا زندگی می کردند کمک کنند. ده ها هزار یهودی به عنوان اعضای جنبش مقاومت ملی در بلژیک، فرانسه، ایتالیا، لهستان، یوگسلاوی، یونان و اسلوواکی همراه با واحدهای مبارزان پارتیزان روس جنگیدند. یهودیان در محله های یهودی نشین و اردوگاه ها با انواع شیوه های مقاومت روحی در برابر ظلم و ستم نازی ها واکنش نشان دادند. آنها آگاهانه تلاش کردند تا تاریخ و حیات اجتماعی یهودیان را حفظ کنند. ایجاد نهادهای فرهنگی یهودی، تداوم برگزاری مراسم و تعطیلات مذهبی، آموزش مخفیانه، انتشار روزنامه های زیرزمینی و جمع آوری و پنهان سازی مدارک از جمله این تلاش ها بود.