Si les Juifs furent les premières victimes du nazisme, ils répondirent aussi à l'oppression par des formes de résistance collective et individuelle. La résistance armée organisée fut la forme la plus puissante de l'opposition juive aux nazis dans l'Europe sous occupation allemande. Des civils juifs opposèrent une résistance armée dans plus de 100 ghettos de Pologne occupée et d'Union soviétique. Dans le cas le plus célèbre, en avril-mai 1943, les Juifs du ghetto de Varsovie organisèrent un soulèvement armé, attaquant les tanks allemands à l'aide de cocktails Molotov, de grenades et de quelques armes de petit calibre. Les forces allemandes mirent presque un mois pour mater complètement la rébellion. Les prisonniers juifs se soulevèrent également contre leurs gardiens dans trois centres de mise à mort. A Treblinka en août 1943 et à Sobibor en octobre 1943, des prisonniers équipés d'armes volées attaquèrent le personnel du camp. La plupart des rebelles furent tués par les Allemands et leurs auxiliaires. En octobre 1944 à Auschwitz-Birkenau, les prisonniers se soulevèrent contre les gardiens. Près de 250 prisonniers moururent au cours du combat et 200 autres furent abattus, après la répression de la mutinerie, par les gardiens SS.

Dans de nombreux pays occupés ou alliés à l'Allemagne, la résistance juive prit souvent la forme d'actions d'aide et de secours. A travers l'Europe occupée, des Juifs aidèrent d'autres Juifs à se cacher et à se procurer de la nourriture ainsi que de faux papiers d'identité qui pouvaient leur sauver la vie. En 1944, les autorités juives en Palestine envoyèrent clandestinement des parachutistes en Hongrie et en Slovaquie pour aider des Juifs cachés. Des dizaines de milliers de Juifs combattirent au sein de mouvements de résistance nationale en Belgique, en France, en Italie, en Pologne, en Yougoslavie, en Grèce et en Slovaquie, ainsi qu'avec des unités de combat de partisans soviétiques. Des Juifs dans les ghettos et les camps répondirent également à l'oppression nazie par différentes formes de résistance spirituelle. Dans la clandestinité, des Juifs mirent tout en oeuvre pour préserver l'histoire et la vie communautaire du peuple juif. Ils créèrent des organisations culturelles, continuèrent à célébrer les fêtes et observer les pratiques religieuses, dispensèrent une éducation, publièrent des journaux, rassemblèrent puis dissimulèrent divers documents.