Bár a nácik első számú áldozatai a zsidók voltak, ők maguk is – mind egyénileg, mind kollektív módon – ellenálltak az elnyomásnak. Ennek legerőteljesebb formája a civil zsidók szervezett fegyveres felkelése volt a németek által megszállt európai területeken, amelyre Lengyelország és a Szovjetunió mintegy 100 gettójában került sor. A legismertebb a varsói gettó felkelése volt 1943 április-májusában, melynek során a gettó lakói Molotov-koktélokkal, kézigránátokkal és néhány kisebb fegyverrel támadtak a német tankokra. A szerény fegyverzet ellenére közel egy hónapba telt, mire a németeknek sikerült teljesen elfojtaniuk a lázadást. A haláltáborokban szintén előfordult, hogy a zsidó fogvatartottak fellázadtak az őrök ellen: Treblinkában 1943 augusztusában, Sobiborban pedig októberben támadták meg lopott fegyverek segítségével a központ személyzetét. A résztvevők többségét a németek és szövetségeseik megölték. 1944 októberében például Auschwitz-Birkenauban törtek a foglyok az őrökre – a küzdelem során közel 250 rab vesztette életét, a lázadás leverése után pedig további 200-at lőttek agyon az SS-katonák.

Több megszállt vagy a németekkel szövetséges országban a zsidó ellenállás segítségnyújtásban és mentésben öltött formát: zsidók segítettek más zsidóknak rejtekhelyet és élelmet találni, valamint a túlélést jelentő hamis igazolványokat beszerezni. 1944-ben a palesztinai zsidó hatóságok titokban ejtőernyősöket küldtek Magyarországra és Szlovákiába a bujdosók megsegítésére. Belgiumban, Franciaországban, Olaszországban, Lengyelországban, Jugoszláviában, Görögországban és Szlovákiában, valamint a szovjet partizán alakulatok tagjaiként több tízezernyi zsidó küzdött együtt a nemzeti ellenállási mozgalmakkal. Ezen felül azonban a gettók és a táborok zsidó lakói a szellemi ellenállás számos formájával is válaszoltak a náci elnyomásra, tudatosan igyekezve megőrizni népük történetét és közösségi életét. Ide tartozott például a zsidó kulturális intézmények létrehozása, a zsidó ünnepek és szertartások megtartása, a gyermekek titkos oktatása, a földalatti újságok kiadása, valamint dokumentumok gyűjtése és elrejtése.