Αν και οι Εβραίοι ήταν τα κυρίως θύματα των Ναζί, αυτό δεν τους εμπόδισε να αντιστέκονται στην καταπίεση με διάφορους τρόπους, τόσο σε συλλογικό όσο και σε ατομικό επίπεδο. Η πλέον δυναμική μορφή εβραϊκής αντίστασης στις τακτικές των Ναζί στην κατεχόμενη από τη Γερμανία Ευρώπη, ήταν ο οργανωμένος ένοπλος αγώνας. Εβραίοι πολίτες προχώρησαν σε ένοπλες εξεγέρσεις σε πάνω από 100 γκέτο στην κατεχόμενη Πολωνία και τη Σοβιετική Ένωση. Η πιο γνωστή οργανωμένη προσπάθεια εξέργεσης έλαβε χώρα στο γκέτο της Βαρσοβίας τον Απρίλιο με Μάιο του 1943, όταν οι Εβραίοι του γκέτο ξεσηκώθηκαν παίρνοντας τα όπλα και επιτέθηκαν στα γερμανικά τεθωρακισμένα με βόμβες μολότοφ, χειροβομβίδες και ελάχιστα ελαφρά όπλα. Οι γερμανικές δυνάμεις χρειάστηκαν σχεδόν ένα μήνα για να καταπνίξουν οριστικά την εξέγερση. Εβραίοι αιχμάλωτοι εξεγέρθηκαν κατά των δεσμοφυλάκων τους και σε τρία στρατόπεδα εξόντωσης. Στην Τρεμπλίνκα τον Αύγουστο του 1943 και στο Σόμπιμπορ τον Οκτώβριο του 1943, κρατούμενοι οπλισμένοι με κλεμμένα όπλα επιτέθηκαν στο προσωπικό του στρατόπεδου. Οι Γερμανοί και οι εφεδρικές τους δυνάμεις σκότωσαν τους περισσότερους εξεγερμένους. Τον Οκτώβριο του 1944 αιχμάλωτοι στο Άουσβιτς-Μπίρκεναου εξεγέρθηκαν κατά των δεσμοφυλάκων. Σχεδόν 250 κρατούμενοι σκοτώθηκαν στη διάρκεια των συγκρούσεων, ενώ οι φρουροί των SS εκτέλεσαν άλλα 200 άτομα μετά την καταστολή της εξέγερσης.

Σε πολλές χώρες που είχαν περιέλθει υπό τη γερμανική κατοχή ή είχαν συμμαχήσει με τους Γερμανούς, το Εβραϊκό κίνημα αντίστασης κινητοποιήθηκε συχνά με τη μορφή βοήθειας και ενισχύσεις διάσωσης. Σε όλη την κατεχόμενη Ευρώπη οι Εβραίοι αλληλοβοηθιούνταν για να βρουν κρυψώνες ή τρόφιμα και να εξασφαλίσουν πλαστές ταυτότητες που θα τους έσωζαν τη ζωή. Το 1944 οι εβραϊκές αρχές της Παλαιστίνης έστειλαν μυστικά μια δύναμη αλεξιπτωτιστών στην Ουγγαρία και τη Σλοβακία για να βοηθήσουν τους Εβραίους που κρύβονταν εκεί. Δεκάδες χιλιάδες Εβραίοι συμμετείχαν σε εθνικά αντιστασιακά κινήματα στο Βέλγιο, τη Γαλλία, την Ιταλία, την Πολωνία, τη Γιουγκοσλαβία, την Ελλάδα και τη Σλοβακία, καθώς και στις μάχιμες μονάδες των Σοβιετικών αντιστασιακών. Οι Εβραίοι στα γκέτο και τα στρατόπεδα επίσης απάντησαν στη ναζιστική καταδυνάστευση προστατεύοντας την πνευματική τους κληρονομιά. Έκαναν συνειδητές προσπάθειες να διατηρήσουν την ιστορία και τον τρόπο ζωής των εβραϊκών κοινοτήτων. Αυτές οι προσπάθειες περιλάμβαναν: τη δημιουργία εβραϊκών πολιτιστικών ιδρυμάτων, την αδιάλειπτη τήρηση των θρησκευτικών εορτών και τελετουργιών και την κρυφή παροχή εκπαίδευσης. Επίσης δημοσίευαν μυστικά εφημερίδες, συγκέντρωναν και φύλαγαν ιστορικά τεκμήρια.