Nazilerin başlıca kurbanları Yahudiler olsa da, onlar da hem toplu, hem de bireysel olarak çeşitli yollarla baskıya karşı direndiler. Örgütlü silahlı direniş, Alman işgali altındaki Avrupa’daki Nazi politikalarına karşı en güçlü Yahudi muhalefetiydi. Yahudi siviller işgal altındaki Polonya’da ve Sovyetler Birliği’nde 100’ün üstünde gettoda silahlı direniş gösterdi. Bunlar arasında en ünlüsü, Nisan–Mayıs 1943’te Varşova gettosundaki Yahudilerin silahlı bir isyanla ayaklanarak Molotof kokteylleriyle, el bombalarıyla ve bir avuç küçük silahla Alman tanklarına düzenledikleri saldırıydı. Alman güçlerinin isyanı tamamen bastırmaları neredeyse bir ayı buldu. Yahudi tutuklular da üç ölüm merkezinde gardiyanlarına karşı ayaklandı. Ağustos 1943’te Treblinka’da ve Ekim 1943’te Sobibor’da tutuklular çalıntı silahlarla kamp personeline saldırdı. Almanlar ve yardımcıları asilerin çoğunu öldürdü. Ekim 1944’te Auschwitz-Birkenau’da tutuklular muhafızlara karşı ayaklandı. Çatışma sırasında 250’ye yakın mahkûm öldü, SS gardiyanları bir 200 kişiyi de isyan bastırıldıktan sonra kurşuna dizdi.

Almanlar ya da müttefikleri tarafından işgal edilen birçok ülkede Yahudi direnişi sıklıkla yardım ve kurtarma şekline büründü. Alman işgali altındaki Avrupa genelinde Yahudiler, diğer Yahudilerin gizlenme yeri, yiyecek ve hayat kurtaran sahte kimlik belgelerini elde etmesine yardımcı oldu. 1944’te Filistin’deki Yahudi yetkililer, gizlenen Yahudilere yardımcı olmaları için Macaristan’a ve Slovakya’ya gizlice paraşütçüler gönderdi. On binlerce Yahudi Belçika, Fransa, İtalya, Polonya, Yugoslavya, Yunanistan ve Slovakya’da ulusal direniş hareketleri mensupları olarak ve ayrıca Sovyet partizan savaşçı birimleriyle birlikte savaştı. Gettolardaki ve kamplardaki Yahudiler, Nazi baskısına aynı zamanda çeşitli manevî direniş biçimleriyle de karşılık verdi. Yahudi toplumunun tarihini ve toplumsal yaşamını korumak için bilinçli girişimlerde bulundular. Bu çabalar arasında Yahudi kültür kurumlarının oluşturulması, dinsel tatillerin ve ritüellerin yerine getirilmesine devam edilmesi, gizlice eğitim sağlanması, yeraltı gazetelerinin yayınlanması ve belgelerin toplanması ve saklanması yer almıştır.