Το ναζιστικό καθεστώς συχνά υπέβαλε γυναίκες, εβραϊκής καταγωγής και μη, σε απάνθρωπες διώξεις που ορισμένες φορές ήταν ειδικά σχεδιασμένες για το γυναικείο φύλο. Ορισμένα στρατόπεδα και συγκεκριμένες περιοχές εντός των στρατοπέδων συγκέντρωσης προορίζονταν ειδικά για γυναίκες κρατουμένους. Το Μάιο του 1939 τα SS άνοιξαν το Ράβενσμπρουκ, το μεγαλύτερο ναζιστικό στρατόπεδο συγκέντρωσης για γυναίκες. Πάνω από 100.000 γυναίκες είχαν φυλακιστεί στο Ράβενσμπρουκ μέχρι τη στιγμή που τα σοβιετικά στρατεύματα απελευθέρωσαν το στρατόπεδο το 1945. Έγκυες Εβραίες και μητέρες με μικρά παιδιά στέλνονταν σε κέντρα εξόντωσης, όπου οι υπεύθυνοι των στρατοπέδων συχνά τις επέλεγαν ανάμεσα στις πρώτες ομάδες που δολοφονούνταν στους θαλάμους αερίων. Τόσο στα στρατόπεδα όσο και στα γκέτο οι γυναίκες ήταν ιδιαίτερα ευάλωτες και συχνά έπεφταν θύματα ξυλοδαρμού και βιασμού. Οι έγκυες Εβραίες συχνά προσπαθούσαν να αποκρύπτουν την εγκυμοσύνη τους για να αποφύγουν την αναγκαστική έκτρωση. Γερμανοί γιατροί χρησιμοποιούσαν Εβραίες και Ρομά (Τσιγγάνες) ως πειραματόζωα σε πειράματα στείρωσης.

Οι γυναίκες διαδραμάτισαν σημαντικό ρόλο σε διάφορες αντιστασιακές δραστηριότητες, ιδιαίτερα αυτές που εμπλέκονταν σε σοσιαλιστικά, κομμουνιστικά ή σιωνιστικά κινήματα νεολαίας. Πολλές γυναίκες δραπέτευσαν στα δάση της ανατολικής Πολωνίας και της Σοβιετικής Ένωσης και πολέμησαν σε ένοπλες αντιστασιακές οργανώσεις. Ορισμένες γυναίκες ήταν ηγέτιδες ή μέλη αντιστασιακών οργανώσεων στα γκέτο. Άλλες ανέπτυξαν αντιστασιακή δράση μέσα στα στρατόπεδα συγκέντρωσης. Πέντε Εβραίες προμήθευσαν την πυρίτιδα με την οποία ανατινάχθηκε ένας θάλαμος αερίων και σκοτώθηκαν πολλοί άνδρες των SS κατά τη διάρκεια μιας εξέγερσης στο κέντρο εξόντωσης Άουσβιτς-Μπίρκεναου τον Οκτώβριο του 1944. Εκατομμύρια γυναίκες υπέστησαν διώξεις και δολοφονήθηκαν στη διάρκεια του Ολοκαυτώματος. Ωστόσο, στο τέλος, ήταν η ταξινόμησή τους σύμφωνα με Ναζιστική ρατσιστική ιεραρχία ή οι θρησκευτικές και πολιτικές τους πεποιθήσεις που τις έκανε στόχους, όχι το φύλο τους.