纳粹政权经常对妇女（包括犹太和非犹太妇女）进行残酷迫害，这种迫害有时是专门针对女性受害者的。集中营为女囚犯特别指定了单独的营地和区域。1939 年 5 月，党卫军开放了专为妇女建立的最大的集中营——拉文斯布吕克 (Ravensbrueck) 集中营。1945 年苏联军队解放这里时，集中营里关押了 10 万多名妇女。怀孕的犹太妇女和幼儿的母亲被送入屠杀中心，灭绝营的军官通常会把她们作为送入毒气室屠杀的首批对象。在集中营和隔都，妇女特别容易遭到毒打和强奸。怀孕的犹太妇女往往尽力隐瞒怀孕的事实，否则就会被迫堕胎。德国医生会利用犹太妇女和罗姆（吉普赛）妇女进行绝育实验。

妇女在各种抵抗运动中发挥了重要作用，尤其是一些参加社会党、共产党或犹太复国主义青年运动的女性。很多妇女逃往波兰东部和苏联的森林，加入了武装游击队。有些妇女是犹太人区抵抗运动组织的领导人或成员。还有一些人在集中营里从事抵抗活动。1944 年 10 月，在奥斯威辛-比克瑙 (Auschwitz-Birkenau) 屠杀中心的一次起义中，人们利用五名犹太女囚提供的火药，炸开了毒气室并打死几名党卫军。整个大屠杀期间有数百万妇女遭到迫害和屠杀。但是，归根结底，她们被杀害的原因不是性别，而是纳粹为其设定的种族等级或宗教和政治面貌。