Les femmes, juives et non-juives, subirent fréquemment sous le régime nazi des persécutions brutales parfois spécifiques à leur genre. Certains camps et certaines zones au sein des camps de concentration étaient spécialement réservés aux prisonnières. En mai 1939, les nazis ouvrirent Ravensbrück, le plus grand camp de concentration pour femmes. Plus de 100 000 femmes y furent incarcérées jusqu'à la libération du camp en 1945 par les troupes soviétiques. Les femmes juives enceintes et les mères de jeunes enfants furent envoyées dans des centres de mise à mort où elles furent souvent incluses dans les premiers groupes à être envoyés dans les chambres à gaz. Dans les camps comme dans les ghettos, les femmes furent particulièrement victimes de coups et de viols. Les femmes juives enceintes tentèrent souvent de cacher leur grossesse ou furent contraintes de subir un avortement. Les médecins allemands procédèrent à des expériences de stérilisation sur des femmes juives et tsiganes.

Les femmes jouèrent un rôle important dans différentes activités de Résistance, particulièrement celles qui étaient engagées dans des mouvements socialistes, communistes ou de jeunesse sionistes. Beaucoup de femmes s'enfuirent dans les forêts de Pologne orientale et d'Union soviétique pour servir dans des unités armées de partisans. Certaines femmes furent des leaders ou des membres d'organisations de Résistance dans les ghettos. D'autres s'engagèrent dans la Résistance au sein même des camps de concentration. En octobre 1944 pendant un soulèvement au centre de mise à mort d'Auschwitz-Birkenau, cinq prisonnières juives se procurèrent la poudre qui fut utilisée pour détruire une chambre à gaz et tuer plusieurs membres de la SS. Des millions de femmes furent persécutées et assassinées pendant la Shoah. Néanmoins, en définitive, c'est en raison de leur classification dans la hiérarchie raciale nazie et de leurs appartenances religieuses et politiques que les femmes ont été persécutées, non en raison de leur genre.