A gyermekek különös veszélynek voltak kitéve a holokauszt idején. A németek és kollaboránsaik körülbelül 1,5 millió, ezen belül több mint egymillió zsidó, több tízezer roma, fizikailag sérült vagy értelmi fogyatekos német, továbbá lengyel és szovjet gyermeket öltek meg. A gettókban a zsidó gyermekek az éhségtől és a hidegtől, valamint a megfelelő ruházat és menedék hiánya miatt haltak meg. Mivel kényszermunkára életkoruknál fogva alkalmatlanok voltak, a német hatóságok rendszerint őket válogatták ki elsőként - az idősekkel, betegekkel és fogyatékosokkal együtt - a haláltáborokba történő deportálásra vagy a tömegsírok előtti golyó általi kivégzésekre. Az auschwitz-birkenaui és más központokba hurcolt gyermekek többségét a tábori hatóságok azonnal a gázkamrákba küldték, a koncentrációs táborokban pedig az SS orvosai és kutatói használták fel őket – többek közt az ikreket – olyan „tudományos” kísérletekre, amelyek gyakran a halálukhoz vezettek.

1938 és 1940 között Kindertransport (Gyermekszállítás) néven működött egy olyan mentőszervezet, amely több ezer zsidó gyermeket helyezett biztonságba Nagy-Britanniában (a szüleik nélkül), kimentve őket a náci Németországból és a megszállt területekről. De egész Európában voltak nem zsidó személyek, akik zsidó gyermekeket vagy – mint Anne Frank esetében – azok családtagjait is rejtegették. A náci Németország 1945 májusában bekövetkezett kapitulációja után – amely a II. világháború végét jelentette – a menekültek és a deportáltak Európa-szerte keresni kezdték elveszett gyermekeiket, az elárvultak ezrei pedig az elhurcoltak táboraiban kaptak elhelyezést.