Pendant les trois premières années de la Seconde Guerre mondiale, de septembre 1939 à novembre 1942, une série de victoires militaires permit à l'Allemagne d'étendre sa domination sur une large partie du continent européen.

En septembre 1939, l'Allemagne envahit la Pologne. Les Polonais se rendirent après quelques semaines. Les Allemands annexèrent l'ancienne ville libre de Dantzig ainsi que l'ensemble de la Pologne occidentale, comprenant les provinces de Prusse occidentale, Poznan, la Haute-Silésie et Lodz (rebaptisée Litzmannstadt). La Pologne centrale et méridionale fut organisée en Gouvernement général en octobre 1939.

L'invasion allemande de la Pologne, septembre 1939

Entre avril et juin 1940, les Allemands conquirent le Danemark et la Norvège. Les Allemands permirent au gouvernement danois de rester en place et de conserver une autonomie dans les affaires intérieures, mais les élections furent interdites. La Norvège tomba sous l'administration d'un Commissaire du Reich, qui gouverna avec l'aide de l'armée allemande, des autorités d'occupation composées de policiers et de SS, ainsi que de la police et de l'administration norvégiennes collaborationnistes.

Le 10 mai 1940, l'armée allemande envahit l'Europe de l'Ouest. Le Luxembourg capitula le jour même et fut annexé au Reich. L'armée néerlandaise annonça sa reddition le 15 mai et les Belges capitulèrent le 28 mai. Les Pays-Bas furent placés sous l'autorité d'un Commissariat du Reich, une administration civile allemande qui surpervisait l'administration néerlandaise collaborationniste. La Belgique fut placée sous occupation militaire. La France signa un traité d'armistice avec l'Allemagne le 22 juin 1940. Les clauses de ce traité prévoyaient que la France du nord et la côte atlantique seraient placées sous occupation militaire allemande (zone occupée), tandis que le sud de la France, dont la côte méditerranéenne, resterait sous la responsabilité du gouvernement français collaborationniste (zone libre), qui avait à sa tête le Maréchal Philippe Pétain, un héros de la Première Guerre mondiale. Le 10 juillet 1940, un coup de force du Gouvernement français, entériné par un vote du Parlement réuni à Vichy, donna les pleins pouvoirs à Pétain, y compris pour organiser un nouveau régime politique. Ce régime, connu sous le nom de régime de Vichy, resta officiellement neutre pendant la guerre, mais était en fait entièrement dépendant de l'Allemagne nazie dans la conduite de sa politique étrangère ainsi que dans la plus grande partie de sa politique intérieure. Après le débarquement allié réussi en Afrique du Nord française le 8 novembre 1942, l'armée allemande occupa la zone libre.

Le drapeau nazi flotte sur Versailles et Paris

En mars 1941, venant en aide à son allié italien au sein de l'Axe, l'Allemagne nazie envahit la Yougoslavie et la Grèce. La Yougoslavie fut vaincue en deux semaines. Avec leurs alliés italiens, les Allemands se partagèrent la Slovénie et annexèrent la partie nord-est du pays, soutenant un Etat croate satellite (qui comprenait la Bosnie-Herzégovine) dirigé par un gouvernement fasciste oustachi, et placèrent la Serbie sous occupation militaire. La Grèce, après avoir perdu son littoral nord-ouest au profit de l'Albanie annexée par l'Italie, et la Thrace au profit de la Bulgarie, fut divisée en deux zones d'occupation, l'une allemande et l'autre italienne et placée sous l'administration militaire de ces deux pays.

Les troupes allemandes aidèrent aussi leurs alliés italiens à chasser les forces britanniques de Libye contrôlée par l'Italie et à envahir l'Egypte sous contrôle britannique.

En juin 1941, l'Allemagne nazie envahit l'Union Soviétique. Après avoir repoussé les forces soviétiques hors de Pologne orientale, que l'Union Soviétique avait annexée et occupée en 1939 conformément aux dispositions du Pacte germano-soviétique, les Allemands rattachèrent administrativement le district de Bialystok à la Prusse orientale et incorporèrent dans le Gouvernement général la Galicie orientale, c'est-à-dire la région de Lvov au sud-est de la Pologne.

Entre juillet et début décembre 1941, l'armée allemande conquit les Etats baltes (Estonie, Lettonie et Lituanie), la Biélorussie, l'essentiel de l'Ukraine ainsi que de grandes parties du territoire russe. Début décembre 1941, les Allemands assiégeaient au nord Leningrad, atteignaient au centre la région de Moscou et conquéraient au sud Rostov, la porte d'entrée du Caucase.

L'invasion de l'Union Soviétique, 1941-1942

Après avoir subi de sévères défaites devant l'Armée rouge pendant l'hiver 1941-1942, l'armée allemande reprit l'offensive à l'été 1942. Au début de l'automne, elle atteignit les limites géographiques de l'expansion de l'Axe : Stalingrad et la partie centrale de la région du Caucase en Union Soviétique, et El Alamein en Egypte.

Même si la guerre tourna au désavantage de l'Allemagne entre novembre 1942 et juillet 1943, les troupes allemandes continuèrent cependant à étendre la domination directe de l'Allemagne. Après la capitulation italienne face aux Alliés en septembre 1943, les Allemands envahirent l'Italie septentrionale et centrale ainsi que les territoires grecs, yougoslaves et albanais alors occupés par l'Italie. En mars 1944, les troupes allemandes occupèrent la Hongrie afin de l'empêcher de sortir de l'Axe. En 1944, alors même que les troupes soviétiques franchissaient en masse la frontière de la Prusse orientale pour entrer sur le territoire allemand, l'armée allemande envahit et occupa la Slovaquie, après que la résistance slovaque eut organisé un soulèvement.