En mai 1940, l'armée allemande envahit l'Europe occidentale. Les réfugiés juifs qui avaient fui le Reich à bord du Saint Louis et avaient trouvé asile en France et aux Pays-Bas se retrouvèrent de nouveau en danger.

Les autorités françaises, belges et hollandaises internèrent, en tant que citoyens d'un pays ennemi, des milliers de réfugiés allemands parmi lesquels des dizaines d'anciens passagers du Saint Louis. Les autorités britanniques internèrent quelques uns des anciens passagers du Saint Louis dans l'Île de Man et en envoyèrent d'autres dans des camps au Canada et en Australie. Beaucoup de ceux qui étaient en Belgique et en France furent envoyés dans des camps d'internement français.

Après que les autorités françaises de Vichy signèrent avec l'Allemagne un armistice qui divisait la France en une zone occupée (occupation militaire allemande) et une zone libre (la France de Vichy), les réfugiés se trouvant en zone libre purent toujours légalement émigrer aux États-Unis ou ailleurs en passant par l'Espagne et le Portugal. Cette possibilité perdura même après octobre 1941, lorsque les nazis interdirent l'émigration juive à partir des territoires qu'ils occupaient directement. Certains anciens passagers du Saint Louis furent en mesure de partir quand leurs numéros de quota d'immigration américains déjà enregistrés furent appelés. Cependant, organiser un tel voyage était compliqué sur le plan administratif et exigeait beaucoup de temps et d'argent. Celui qui voulait aller aux États-Unis avait besoin d'un visa d'immigration du consulat américain à Marseille, d'un visa de sortie français et de visas de transit tant pour l'Espagne que pour le Portugal. Les visas de transit ne pouvaient être obtenus qu'après avoir réservé un billet sur un bateau au départ de Lisbonne. Certains réfugiés, dont quelques uns parmi les milliers qui étaient détenus dans les camps d'internement français, réussirent effectivement à émigrer. Mais en 1942 ces dernières filières d'émigration disparurent, au même moment où les Allemands commencèrent la déportation les Juifs d'Europe occidentale vers les camps de mise à mort nazis à l'est.

Finalement, les passagers du Saint Louis vécurent des expériences similaires à celles des autres Juifs en Europe occidentale occupée par les nazis. Beaucoup furent assassinés dans les camps de concentration et mise à mort. D'autres entrèrent dans la clandestinité ou survécurent à des années de travaux forcés. Certains allaient réussir à s'échapper. Les destins opposés des familles Seligmann et Hermanns illustrent le sort divers des passagers.

Lorsque le Saint Louis retourna en Europe, la famille Seligmann (Siegfried, Alma et leur fille Ursula), originaires de Ronnenberg, près de Hanovre en Allemagne, débarquèrent en Belgique et s'installèrent à Bruxelles en attendant leurs visas américains. Comme ils n'étaient pas autorisés à travailler, ils dépendaient du soutien de parents et d'organisations juives pour les réfugiés. Quand les nazis envahirent la Belgique, la police belge arrêta Siegfried en tant que "ressortissant d'un pays ennemi", il fut emmené dans le sud de la France et détenu dans le camp d'internement des Milles. Sa femme et sa fille se rendirent en France pour le retrouver. Elles furent arrêtées à Paris par la police française et envoyées au camp d'internement de Gurs où elles vécurent dans des conditions de privation et d'insalubrité. Alma et Ursula apprirent par l'intermédiaire de la Croix-Rouge que Siegfried avait été interné aux Milles. En juillet 1941, Alma et Ursula furent transférées dans un camp à Marseille et autorisées par les fonctionnaires de Vichy à déposer des demandes de visas d'entrée et de transit pour les États-Unis. En novembre, la famille Seligmann, enfin réunie, quitta la France, traversa l'Espagne et le Portugal, embarqua à Lisbonne et arriva à New York le 3 décembre 1941. Une autre fille, Else, qui avait réussi à rejoindre les États-Unis via les Pays-Bas, les attendait à Washington, où la famille s'installa.

La famille Hermanns n'eut pas autant de chance. Julius Hermanns, négociant en tissus de Mönchen-Gladbach, avait été emprisonné à Dachau et à Buchenwald. Après sa sortie, il réserva un billet pour lui sur le Saint Louis mais ne put pas payer les billets et les frais de visa pour sa femme Grete et sa fille Hilde. Elles durent rester en Allemagne. Quand le Saint Louis accosta à Anvers au retour de Cuba, Julius se rendit en France, espérant que sa famille pourrait l'y rejoindre. Interné par les Français en tant que "ressortissant d'un pays ennemi", Julius fut libéré en avril 1940, mais fut de nouveau arrêté peu de temps après l'invasion allemande. Finalement, il fut envoyé à Saint-Cyprien, un camp d'internement près de la frontière espagnole. Transféré par la suite à Gurs et aux Milles, Julius alors malade fut dans l'incapacité d'obtenir les papiers d'immigration et les visas nécessaires auprès du consulat américain à Marseille.

Le 11 août 1942, les autorités françaises envoyèrent Julius dans le premier convoi de prisonniers des Milles à Drancy, un camp de transit près de Paris. Trois jours plus tard, les Allemands le déportèrent vers le camp mise à mort d'Auschwitz-Birkenau en Pologne occupée par les Allemands, où il mourut. Le 11 décembre 1941, les Allemands déportèrent d'Allemagne Grete et Hilde Hermanns vers le ghetto de Riga en Lettonie. Elles ne semblent pas figurer parmi les survivantes de la guerre.