ارتش آلمان، در ماه مه ۱۹۴۰ به اروپای غربی حمله کرد. آن دسته از پناهندگان یهودی که با کشتی سنت لوئیس از چنگال رایش سوم گریخته بودند و در فرانسه و کشورهای سفلی پناهنده شده بودند، دوباره جانشان به خطر افتاد.

مقامات فرانسه، بلژیک و هلند هزاران پناهنده‌ی آلمانی، از جمله ده‌ها نفر از مسافران سابق کشتی سنت لوئیس را توقیف کردند. مقامات بریتانیا برخی از مسافران سابق سنت لوئیس را در جزیره‌ی مَن Man توقیف کرده و عده دیگری را در اردوگاه‌های کانادا و استرالیا زندانی کردند. بسیاری از یهودیان بلژیک و فرانسه به اردوگاه‌های فرانسه اعزام شدند.

پس از اینکه مقامات ویشی فرانسه با آلمان در خصوص تقسیم فرانسه به دو منطقه آزاد و تحت اشغال به توافق رسیدند، پناهندگان مستقر در ویشی فرانسه آزاد، همچنان ‌می‌توانستند به طور قانونی از طریق اسپانیا و پرتغال به ایالات متحده یا هر جای دیگری مهاجرت کنند. حتی پس از اکتبر سال ۱۹۴۱ که نازی‌ها، مهاجرت یهودیان را از سرزمین های تحت اشغال مستقیم خود منع کردند، این امکان برای آنها همچنان وجود داشت. برخی از مسافرین سابق سنت لوئیس، بعد از آنکه شماره‌شان در، لیست ثبت نام شده‌های سهمیه‌ی مهاجرت به ایالات متحده خوانده شد، توانستند مهاجرت کنند. با این وجود ترتیب دادن چنین سفری، بروکراسی پیچیده‌ای داشت و مستلزم صرف هزینه و زمان زیادی بود. هر کسی می‌خواست به ایالات متحده برود به ویزای مهاجرتی از کنسولگری آمریکا در مارسی، ویزای خروج از فرانسه و ویزای عبور از هر دو کشور اسپانیا و پرتغال نیاز داشت. ویزاهای عبور را فقط می توانستند پس از رزرو بلیت کشتی در لیسبون دریافت کنند. تعدادی از پناهندگان، حتی چند هزار نفری که همچنان در اردوگاه‌های فرانسه نگهداری می شدند توانستند مهاجرت کنند. اما در سال ۱۹۴۲ زمانی که آلمانی‌ها شروع به تبعید یهودیان از اروپای غربی به کشتارگاه‌های نازی‌ها در شرق کردند، این مسیرهای فرار نیز فوراً از میان رفت.

بنابراین در پایان، مسافرین سابق سنت لوئیس سرنوشتی مشابه با یهودیانی که در اروپای غربی تحت اشغال نازی‌ها مستقر شده بودند را تجربه کردند. آلمانی‌ها، بسیاری از آنها را در کشتارگاه‌ها و اردوگاه‌های مرگ به قتل رساندند. برخی پنهان شدند یا از سال‌ها اسارت در اردوگاه کار اجباری جان سالم به در بردند. برخی توانستند فرار کنند. سرنوشت متفاوت خانواده‌های زلیگمن Seligmann و هرمنس بیانگر تجربه‌های مختلف مسافرین این کشتی است.

وقتی سنت لوئیس به اروپا بازگشت، خانواده‌ی زلیلگمن (زیگفرید، آلما و دخترشان اورسولا) که اهل روننبرگ در حوالی هانوفر آلمان بودند، در بروکسل منتظر ویزای ایالات متحده ماندند. چون اجازه کار نداشتند مجبور بودند به کمک‌های بستگان و سازمان‌های پناهندگی یهودیان بسنده کنند. وقتی نازی‌ها به بلژیک حمله کردند، پلیس بلژیک زیگفرید را به عنوان «دشمن خارجی» دستگیر کرد و او را به اردوگاه بازداشت شدگان لی میل Les Milles در جنوب فرانسه فرستاد. همسر و دخترش برای یافتن او به فرانسه رفتند اما در آنجا توسط پلیس فرانسه در پاریس دستگیر شدند و به اردوگاه بازداشت‌شدگان گورGurs منتقل شدند و در شرایط بیماری و محرومیت در آنجا زندگی کردند. آلما و اورسولا از طریق صلیب سرخ مطلع شدند که زیگفرید به لی میل فرستاده شده است. در ژوئیه ۱۹۴۱، آلما و اورسولا به اردوگاه مارسی منتقل شده و مقامات ویشی به آنها اجازه دادند برای ویزای ایالات متحده درخواست کنند. خانواده زلیگمان در نوامبر به یکدیگر پیوستند و فرانسه را ترک کرده و در ۳ دسامبر ۱۹۴۱، از طریق اسپانیا و پرتغال، لیسبون را به قصد نیویورک ترک کردند. دختر دیگر آنها، السی که توانسته بود از طریق هلند به ایالات متحده برسد در واشینگتن دی سی منتظر آنها بود. آنها بالاخره در آنجا سکنی گزیدند.

خانواده هرمنس خوش شانس نبودند. یولیوس هرمنس که در مونشن گلادباخ، تاجر پارچه بود در داخائو و بوخنوالد زندانی شد. یولیوس پس از آزادیش برای خود در سنت لوئیس جا رزرو کرد اما از عهده‌ی هزینه‌ی تهیه بلیت و مجوز برای همسرش گریتی و دخترش هیلدی برنیامد. آنها در آلمان ماندند. پس از اینکه سنت لوئیس از کوبا برگشت و در آنتورپ لنگر انداخت، یولیوس به فرانسه رفت به این امید که خانواده‌اش بتوانند در آنجا به او بپیوندند. یولیوس توسط فرانسوی‌ها به عنوان "دشمن خارجی"د ستگیر شد و سپس در سال ۱۹۴۰ آزاد شد اما اندکی بعد پس از حمله‌ی آلمان، دوباره دستگیر شد. سرانجام به سن سیپریان، اردوگاهی در نزدیکی مرز اسپانیا فرستاده شد. پس از آن به گور و لی میل منتقل شد. یولیوس که در آنزمان بیمار بود نتوانست مجوزهای مهاجرتی و ویزای لازم را از کنسولگری آمریکا در مارسی دریافت کند.

در ۱۱ اوت ۱۹۴۲، مقامات فرانسوی یولیوس را در اولین انتقال اسرا از لی میل به درانسی، اردوگاهی در نزدیکی پاریس فرستادند. سه روز بعد، آلمانی‌ها او را به اردوگاه آشوئیتس بیرکینائو در لهستان تحت اشغال آلمان فرستادند که وی در آنجا جان سپرد. در ۱۱ دسامبر ۱۹۴۱، آلمانی‌ها گرتی و هیلدی هرمنس را از آلمان به گتوی ریگا در لاتویا تبعید کردند. معلوم نیست که آیا آنها توانستند از جنگ جان سالم به در ببرند یا خیر.