Bár első számú célpontjaik a zsidók voltak, a nácik és kollaboránsaik faji vagy ideológiai alapon más csoportokat is üldöztek. Diszkriminációjuk legkorábbi németországi áldozatai a rendszer politikai ellenfelei lettek: főként a kommunisták, a szocialisták, a szociáldemokraták és a szakszervezeti vezetők. Ezenkívül az olyan írókat vagy művészeket is üldözték, akik munkáit felforgatónak tartották, illetve akik zsidó származásúak voltak. Az ilyeneket letartóztatták, gazdaságilag korlátozták, és a hátrányos megkülönböztetés más formáit is alkalmazták ellenük. A romák (cigányok) faji alapon tartoztak a célpontjaik közé. Őket az elsők között ölték meg a lengyelországi Chelmno haláltáborának mozgó gázkamráiban, de Auschwitz-Birkenauba is több mint 20 000 romát szállítottak, ahol legtöbbjük a gázkamrákban lelte halálát. A németek ugyancsak faji alapon maguknál alsóbbrendűnek tekintették a lengyeleket és a szlávokat. Azokra a lengyelekre, akik ideológiai szempontból is veszélyesek voltak számukra (mint például az értelmiségiek és a katolikus papok), kivégzés várt. 1939 és 1945 között legalább 1,5 millió lengyel állampolgárt deportáltak német területre kényszermunkára, és sok százezret zártak náci koncentrációs táborokba. Becslések szerint a németek legalább 1,9 millió nem zsidó lengyel civilt öltek meg a II. világháború során.

1941-1942 fordulójának őszi-téli időszakában a német hatóságok a szovjet hadifoglyok tömeges meggyilkolását rasszista alapon folytatták, amikor kiválogatták és agyonlőtték a zsidókat, az „ázsiai vonásokkal” rendelkezőket, valamint a magas rangú politikai és katonai vezetőket. Mintegy hárommillió további foglyot megfelelő szállás, élelem és gyógyszerek nélküli, összetákolt táborokban tartottak kifejezetten azzal a céllal, hogy elpusztuljanak. Németországban a nácizmusnak ellenálló keresztény vezetőket, valamint a Jehova tanúi felekezetének több ezer tagját börtönözték be, akik megtagadták Adolf Hitler megfelelő üdvözlését vagy a német hadseregben való katonai szolgálatot. Az úgynevezett „Eutanázia programban” megölt értelmi vagy testi fogyatékos emberek száma a becslések szerint elérte a 200 000-et, de üldözték a férfi homoszexuálisokat is, akiknek viselkedése a nácik szerint akadályozta a német nép fennmaradását.