Kendati menjadi korban utama Nazi, kaum Yahudi juga mengadakan perlawanan dengan berbagai cara, baik secara kolektif maupun perorangan. Perlawanan bersenjata terorganisir merupakan bentuk paling tegas dari perlawanan Yahudi terhadap kebijakan Nazi di Eropa yang diduduki Jerman. Kaum sipil Yahudi memberikan perlawanan bersenjata di lebih dari 100 ghetto di Polandia pendudukan dan Uni Soviet . Dalam kasus yang paling terkenal, pada bulan April-Mei 1943, kaum Yahudi di ghetto Warsawa bangkit melakukan pemberontakan bersenjata dengan menyerang tank-tank Jerman menggunakan bom molotov, granat tangan, dan beberapa pucuk senapan kecil. Tentara Jerman perlu waktu hampir sebulan untuk benar-benar memadamkan pemberontakan itu. Tahanan Yahudi juga melawan para penjaga di tiga pusat pembantaian. Di Treblinka pada bulan Agustus 1943 dan Sobibor pada bulan Oktober 1943, para tahanan menggunakan senjata curian untuk menyerang petugas kamp. Jerman dan kolaboratornya membunuh hampir semua pemberontak ini. Pada bulan Oktober 1944, di Auschwitz-Birkenau, para tahanan memberontak terhadap para penjaga. Sekitar 250 tahanan terbunuh dalam kerusuhan; penjaga SS menembak 200 lainnya setelah pemberontakan dipadamkan.

Di banyak negara yang diduduki atau bersekutu dengan Jerman, perlawanan Yahudi sering berbentuk operasi bantuan dan penyelamatan. Di seluruh Eropa yang diduduki Jerman, kaum Yahudi membantu orang Yahudi lainnya dalam mencari tempat persembunyian atau makanan dan mendapatkan dokumen identitas palsu yang dapat menyelamatkan jiwa mereka. Pada tahun 1944 otoritas Yahudi di Palestina diam-diam mengirim tentara payung ke Hungaria dan Slovakia untuk membantu kaum Yahudi di persembunyian. Puluhan ribu orang Yahudi berjuang sebagai anggota pergerakan perlawanan nasional di Belgia, Prancis, Italia, Polandia, Yugoslavia, Yunani, dan Slovakia, juga bersama satuan tempur partisan Soviet. Kaum Yahudi di ghetto dan kamp juga merespons penindasan Nazi dengan berbagai bentuk perlawanan spiritual. Mereka menggalang upaya sadar untuk melestarikan sejarah dan kehidupan komunal bangsa Yahudi. Upaya-upaya ini meliputi: mendirikan lembaga budaya Yahudi, tetap merayakan libur dan ritual keagamaan, memberikan pendidikan secara diam-diam, menerbitkan koran bawah-tanah, dan mengumpulkan dan menyembunyikan dokumen.