Przywódcy i duchowni niemieckich Kościołów protestanckich i Kościoła rzymskokatolickiego byli w dużej mierze współwinni prześladowań Żydów.

Większość przywódców chrześcijańskich w Niemczech powitała z zadowoleniem dojście do władzy nazizmu w 1933 r. Nie wypowiadali się oni przeciw mowie nienawiści czy przemocy. Po 1933 r. większość nie wypowiadała się przeciwko środkom prawnym, które stopniowo pozbawiały Żydów ich praw. Niektórzy przywódcy kościelni, zwłaszcza w ramach wysoce nacjonalistycznego ruchu Niemieckich Chrześcijan działającego w ramach głównego Kościoła protestanckiego, entuzjastycznie wspierali nazistowski reżim.

Jedynie nieliczni przywódcy religijni, pastorzy i księża, zwykle w odizolowanych parafiach, wypowiadali się przeciwko nazistowskiemu rasizmowi, wygłaszali niedzielne kazania potępiające prześladowania niemieckich Żydów, udzielali pomocy Żydom lub ich ukrywali. Bez wsparcia swoich przywódców i instytucji głosy sprzeciwu miały jednak niewielki wpływ na politykę rządu. Z drugiej strony, kościoły w całych Niemczech pomagały we wdrażaniu praw rasowych, udostępniając ludziom kopie rodzinnych aktów chrztu. Reżim wykorzystywał te dane, aby określić status rasowy danej osoby oraz jej rodziców i dziadków.

Reakcje Kościoła na prześladowania Żydów były kształtowane przez tradycyjne formy religijnego antysemityzmu głęboko zakorzenionych w historii chrześcijaństwa. Na duchowieństwo i przywódców kościelnych miały ponadto wpływ szersze trendy polityczne i społeczne w Niemczech po I wojnie światowej, w tym rosnący nacjonalizm i ruchy komunistyczne. Kościoły uznawały komunizm za antytezę chrześcijaństwa. Obawiano się rewolucji komunistycznej, zwłaszcza po rewolucji bolszewickiej w Rosji w 1917 r., która doprowadziła do lewicowych działań rewolucyjnych w Niemczech. Wsparcie dla represji komunizmu i potrzeba przywrócenia niemieckiej gospodarki oraz statusu światowej potęgi po I wojnie światowej z reguły przeważały nad niechęcią przywódców kościelnych do rasowych, etnicznych, nacjonalistycznych i pogańskich poglądów, które wielu z nich dostrzegało w nazizmie.

Z uwagi na historię prześladowań Kościoła rzymskokatolickiego w Niemczech i jego umiarkowaną postawę polityczną przed 1933 r. (Katolicka Partia Centrum dołączyła do rządów koalicyjnych z czasów Republiki Weimarskiej), przywódcy katoliccy byli bardziej nieufni wobec partii nazistowskiej. Skupili się na utrzymaniu katolickich instytucji, od szkół po grupy młodzieżowe. I, podobnie jak niektóre Kościoły protestanckie, chronili ochrzczonych członków pochodzenia żydowskiego prześladowanych przez nazistowskie prawo rasowe. Przywódcy Kościoła katolickiego otwarcie sprzeciwiali się przymusowej sterylizacji osób z niepełnosprawnościami na podstawie doktryny religijnej, która zabraniała ingerencji w rozrodczość. Niektórzy katoliccy przywódcy, a także przywódcy protestanccy, wypowiadali się też przeciwko zabijaniu umieszczonych w zakładach Niemców w ramach programu „eutanazji” w okresie wojennym.

W dniach 9–10 listopada 1938 r. nazistowscy przywódcy dokonali serii pogromów, zwanych nocą kryształową, wymierzonych w ludność żydowską w Niemczech i na niedawno przyłączonych terytoriach. Żaden z czołowych przywódców kościelnych nie zaprotestował publicznie przeciwko tym brutalnym atakom. Mieli więc oni w nich swój współudział, tak jak przywódcy uniwersyteccy, biznesowi i wojskowi, którzy również milczeli podczas zajść antyżydowskich, pomimo że wielu ich nie pochwalało. Nawet jeśli przywódcy kościelni zabierali głos po aktach przemocy i terrorze nocy kryształowej, było już wówczas za późno. Do końca lat 30. nazistowski reżim miał całkowitą kontrolę nad dyskursem publicznym i przestrzenią publiczną. Narzędzia represji, od uwięzienia w obozie koncentracyjnym bez procesu po egzekucję, zostały już wprowadzone.