Οι ηγέτες και οι κληρικοί της Προτεσταντικής και της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας στη Γερμανία έγιναν σε μεγάλο βαθμό συνένοχοι στις διώξεις των Εβραίων.

Οι πιο πολλοί χριστιανοί ηγέτες στη Γερμανία καλωσόρισαν την άνοδο του ναζισμού το 1933. Δεν κατήγγειλαν τη ρητορική μίσους ή τη βία. Μετά το 1933, οι περισσότεροι δεν μιλούσαν ανοιχτά ενάντια στα νομικά μέτρα που σταδιακά αφαίρεσαν από τους Εβραίους τα δικαιώματά τους. Ορισμένοι εκκλησιαστικοί ηγέτες, ιδιαίτερα στο άκρως εθνικιστικό γερμανοχριστιανικό κίνημα της κεντρικής Προτεσταντικής Εκκλησίας, υποστήριξαν με ενθουσιασμό το ναζιστικό καθεστώς.

Μόνο μια μικρή μειοψηφία θρησκευτικών ηγετών, παστόρων και ιερέων, συνήθως σε απομονωμένες ενορίες, εναντιώθηκε και κατήγγειλε τον ναζιστικό ρατσισμό, με εκ του άμβωνος κυριακάτικα κηρύγματα που αποδοκίμαζαν τη δίωξη των Εβραίων της Γερμανίας, ενώ παρείχε βοήθεια ή έκρυβε Εβραίους. Χωρίς την υποστήριξη των ηγετών και των θεσμών τους, οι φωνές διαφωνίας είχαν μικρή επίδραση στην κυβερνητική πολιτική. Οι εκκλησίες σε όλη τη Γερμανία συνέβαλαν επίσης στη διευκόλυνση της εφαρμογής των φυλετικών νόμων. Έδωσαν στους ανθρώπους αντίγραφα των οικογενειακών αρχείων βάπτισης. Το καθεστώς χρησιμοποιούσε αυτά τα αρχεία για να αποφασίσει τη φυλετική ιδιότητα ενός ατόμου και των γονέων και των παππούδων του.

Οι αντιδράσεις της Εκκλησίας στη δίωξη των Εβραίων διαμορφώθηκαν από παραδοσιακές μορφές θρησκευτικού αντισημιτισμού που είχε βαθιές ρίζες στην ιστορία του Χριστιανισμού. Οι κληρικοί και οι εκκλησιαστικοί ηγέτες επηρεάστηκαν επίσης από δημοφιλείς πολιτικές και κοινωνικές τάσεις στη Γερμανία μετά τον Α' Παγκόσμιο Πόλεμο, όπως των ανερχόμενων κινημάτων του εθνικισμού και του κομμουνισμού. Οι εκκλησίες έβλεπαν τον κομμουνισμό ως το αντίθετο του Χριστιανισμού. Φοβήθηκαν το ενδεχόμενο κάποιας κομμουνιστικής επανάστασης, ιδιαίτερα μετά την επανάσταση των Μπολσεβίκων του 1917 στη Ρωσία, η οποία οδήγησε σε αριστερές επαναστατικές δραστηριότητες στη Γερμανία. Η υποστήριξη για την καταστολή του κομμουνισμού και η ανάγκη αποκατάστασης της οικονομίας και της θέσης της Γερμανίας ως παγκόσμιας δύναμης μετά τον Α' Παγκόσμιο Πόλεμο συνήθως αντιστάθμιζε την αποστροφή των εκκλησιαστικών ηγετών για τις φυλετικές, εθνοτικά βασισμένες εθνικιστικές και παγανιστικές απόψεις που διέκριναν στον ναζισμό.

Λόγω του ιστορικού διώξεων της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας στη Γερμανία και της μετριοπαθούς πολιτικής της στάσης πριν από το 1933 (το Καθολικό κεντρώο κόμμα προσχώρησε στις κυβερνήσεις συνασπισμού της Βαϊμάρης), οι Καθολικοί ηγέτες υπήρξαν πιο καχύποπτοι με το Ναζιστικό Κόμμα. Επικεντρώθηκαν στη διατήρηση των Καθολικών θεσμών, από τα σχολεία έως τις νεολαίες. Όπως και ορισμένες προτεσταντικές εκκλησίες, προστάτευαν βαπτισμένα μέλη εβραϊκής καταγωγής που διώκονταν με τον ναζιστικό φυλετικό νόμο. Οι ηγέτες της Καθολικής Εκκλησίας αντιτάχθηκαν ανοιχτά στην αναγκαστική στείρωση των ατόμων με αναπηρία λόγω του θρησκευτικού δόγματος που απαγόρευε την παρέμβαση στην αναπαραγωγή. Ορισμένοι Καθολικοί ηγέτες, αλλά και Προτεστάντες, αντιτάχθηκαν επίσης στη θανάτωση ψυχιατρικών Γερμανών ασθενών με το πρόγραμμα «ευθανασίας» κατά τη διάρκεια του πολέμου.

Στις 9–10 Νοεμβρίου 1938, οι ηγέτες των Ναζί εξαπέλυσαν μια σειρά από πογκρόμ, που ονομάστηκαν Kristallnacht, δηλαδή η Νύχτα των Κρυστάλλων, εναντίον του εβραϊκού πληθυσμού στη Γερμανία και τα νεοπροσαρτημένα εδάφη. Κανένας εξέχων εκκλησιαστικός ηγέτης δεν καταφέρθηκε δημόσια εναντίον αυτών των βίαιων επιθέσεων. Με αυτή τους τη στάση, μοιράστηκαν τη συνενοχή των πανεπιστημιακών, επιχειρηματικών και στρατιωτικών ηγετών που σιώπησαν ενώ εκτυλίσσονταν αυτά τα γεγονότα, ακόμη και όταν πολλοί τα αποδοκίμαζαν. Ωστόσο, ακόμα κι αν οι ηγέτες της εκκλησίας είχαν μιλήσει για τη βία και τον τρόμο της Kristallnacht, θα ήταν μάλλον ήταν πολύ αργά. Στα τέλη της δεκαετίας του 1930, το ναζιστικό καθεστώς είχε τον απόλυτο έλεγχο του δημόσιου λόγου και των δημόσιων χώρων. Τα εργαλεία καταστολής, από τη φυλάκιση σε στρατόπεδο συγκέντρωσης χωρίς δίκη έως την εκτέλεση, ήταν ήδη σε ισχύ.