رهبران و روحانیون کلیساهای پروتستان و کاتولیک رومی آلمان تا حد زیادی در آزار و اذیت یهودیان دست داشتند.

بیشتر رهبران مسیحی در آلمان، از به قدرت رسیدن نازیسم در سال ۱۹۳۳ استقبال ‌کردند. آن‌ها برعلیه سخنرانی‌ها یا خشونت‌های نفرت‌بر‌انگیز مخالفت نکردند. پس از سال ۱۹۳۳، بیشتر آن‌ها نسبت به اقدامات قانونیی که یهودیان را به‌‌تدریج از حقوقشان محروم می‌کرد اعتراضی نشان ندادند. برخی از رهبران کلیسا‌ها، به‌خصوص در جنبش به‌شدت ناسیونالیستی ” آلمانی مسیحی“ کلیسای اصلی پروتستان، از رژیم نازی، مشتاقانه پشتیبانی کردند.

در این میان، فقط اقلیتی کوچک از رهبران مذهبی، کمک‌‌کشیش‌ها و کشیش‌ها، که معمولاً در نواحی دورافتاده بودند، علیه نژادپرستی نازی‌ها سخن ‌گفتند، در خطبه‌های یکشنبه‌ی خود آزار و اذیت یهودیان آلمان را نکوهش ‌کردند و به یهودیان کمک ‌نمودند یا آن‌ها را پنهان کردند.صداهای مخالف اما، بدون پشتیبانی رهبران و نهادهایشان، تأثیر چندانی بر سیاست‌های دولت نداشتند.کلیساهای سراسر آلمان، خود به تسهیل اجرایی شدن قوانین نژادی کمک می‌کردند. آنها مدارک غسل تعمید  خانوادگی را در اختیار همگان قرار می‌دادند. این مدارک، برای تشخیص وضعیت نژادی فرد، والدین و پدربزرگ و مادربزرگ اشخصاص توسط رژیم استفاده می‌شد.

واکنش کلیسا به نازیسم و آزار و اذیت یهودیان، در بستر یهودستیزی مذهبی با ریشه‌های عمیق در مسیحیت شکل گرفته بود. کشیش‌ها و رهبران کلیسا نیز تحت تأثیر گرایش‌های سیاسی و اجتماعی گسترش‌یافته در آلمان پس از جنگ جهانی اول، از ‌جمله رشد ناسیونالیسم و جنبش‌های کمونیستی قرار گرفته بودند. کلیساها، کمونیسم را نقطه مقابل مسیحیت می‌دانستند. آن‌ها از انقلاب کمونیستی می‌ترسیدند، به‌خصوص پس از انقلاب بلشویک ۱۹۱۷ در روسیه که منجر به فعالیت‌های انقلابی چپ‌گرا در آلمان شده بود. برای رهبران کلیسا‌ها، پشتیبانی از سرکوب کمونیسم و نیاز به بازیابی اقتصاد و موقعیت آلمان به‌عنوان یک قدرت جهانی پس از جنگ جهانی اول، به طور معمول بر عدم‌علاقه‌ آنها به دیدگاه‌های نژادی، ملی‌گرایانه قومی و مشرکانه‌ای که در نازیسم مشاهده می‌‌‌کردند، اولویت داشت.

به‌دلیل سابقه‌ی آزار و اذیت نسبت به کلیسای کاتولیک رومی در آلمان و موضع سیاسی اعتدالی‌‌ این کلیسا تا پیش از سال ۱۹۳۳ (”حزب مرکزی “کاتولیک به دولت‌های ائتلافی دوران وایمار پیوسته بود)، رهبران کاتولیک به حزب نازی بدگمان‌تر بودند. آن‌ها بر حفظ مؤسسات کاتولیک، از مدارس گرفته تا گروه‌های جوانان، متمرکز بودند. و مانند برخی از کلیساهای پروتستان، از اعضای غسل تعمید شده‌ی یهودی‌تبار، که تحت قوانین نژادی نازی‌ها مورد آزار و اذیت قرار گرفته بودند، محافظت می‌کردند. رهبران کلیسای کاتولیک بر پایه‌ی اصول مذهبی در مورد ممنوعیت در دخالت در تولید مثل، بی‌پرده با عقیم‌سازی اجباری افراد ناتوان مخالفت می‌کردند. برخی از رهبران کاتولیک و همچنین رهبران پروتستان نیز در طول جنگ، نسبت به کشتن آلمانی‌های بستری در بیمارستان در برنامه‌ی کشتار ”اتانازی“، اعتراض می‌کردند.

در ۹ و ۱۰ نوامبر ۱۹۳۸، رهبران نازی، مجموعه‌ای از کشتار‌های جمعی به نام شب شیشه‌های شکسته (کریستال‌ناخت) را علیه جمعیت یهودی در آلمان و سرزمین‌هایی که به‌تازگی به آن ‌اضافه شده بودند، به‌ راه انداختند. هیچ‌یک از رهبران برجسته‌ی کلیسا به‌طور علنی به این حملات خشونت‌آمیز اعتراض نکردند. و در این امر، با رؤسای دانشگاه‌ها، مدیران شرکت‌های تجاری و رهبران ارتش که در دوران وقوع چنین رویدادهایی، حتی گاه با وجود محکوم کردن آن، سکوت اختیار کرده بودند، همدست شدند. حتی اگر پس از خشونت و وحشت شب شیشه‌های شکسته، رهبران کلیسا اعتراض می‌کردند نیز احتمالاً خیلی دیر بود. در اواخر دهه‌ی ۱۹۳۰، رژیم نازی کنترل گفتمان و فضاهای عمومی را کاملا در اختیار خود داشت. ابزار‌های سرکوب، از حبس بدون محاکمه در اردوگاه‌های کار اجباری گرفته تا اعدام، در آنزمان اجرایی شده بودند.