Лідери й духівництво німецької протестантської та Римо-католицької церков були значною мірою співучасниками переслідування євреїв.

Більшість християнських лідерів у Німеччині вітали прихід нацизму до влади в 1933 році. Вони не виступали проти мови ворожнечі й насильства. Після 1933 року більшість із них не виступали проти правових заходів, які поступово позбавляли євреїв їхніх прав. Деякі церковні лідери, особливо ті, що належали до вкрай націоналістичного руху «німецьких християн» у рамках головної протестантської церкви, з ентузіазмом підтримували нацистський режим.

Лише незначна меншість релігійних лідерів, проповідників і священників, зазвичай в ізольованих парафіях, виступали проти нацистського расизму, виголошували недільні проповіді, що засуджували переслідування євреїв у Німеччині, надавали допомогу чи переховували євреїв. Без підтримки своїх лідерів та інституцій голоси інакомислення мало впливали на державну політику. Церкви по всій Німеччині також сприяли впровадженню расових законів. Вони надавали людям копії зі свідоцтв про хрещення. Режим використовував ці документи, щоб визначити расовий статус особи, а також її батьків і дідусів та бабусь.

Церковна реакція на переслідування євреїв була сформована традиційними формами релігійного антисемітизму, що мають глибоке коріння в християнській історії. Духівництво та церковні лідери також перебували під впливом ширших політичних і соціальних тенденцій у Німеччині після Першої світової війни, включно зі зростанням націоналізму і комуністичних рухів. Церкви розглядали комунізм як протилежність християнству. Вони боялися комуністичної революції, особливо після більшовицької революції 1917 року в Росії, яка стимулювала ліву революційну активність у Німеччині. Підтримка репресій проти комунізму та необхідність відновлення економіки та статусу Німеччини як світової держави після Першої світової війни зазвичай переважувала огиду церковних лідерів до расових, етно-націоналістичних та язичницьких поглядів, які багато хто з них помічав у нацизмі.

Через історію переслідувань Римо-католицької церкви в Німеччині та її помірковану політичну позицію до 1933 року (католицька «Партія центру» входила до складу коаліційних урядів Ваймарської доби) католицькі лідери ставилися до нацистської партії з більшою підозрою. Вони зосередилися на збереженні католицьких інституцій, від шкіл до молодіжних груп. І, так само, як і деякі протестантські церкви, вони захищали охрещених вірян єврейського походження, переслідуваних нацистським расовим законодавством. Лідери католицької церкви відкрито виступали проти примусової стерилізації людей з інвалідністю на підставі релігійної доктрини, яка забороняла втручання в репродуктивну функцію. Деякі католицькі, а також протестантські лідери також виступали проти вбивства інституціоналізованих німців у рамках програми «евтаназії» у воєнний час.

9–10 листопада 1938 року нацистські лідери влаштували серію погромів проти єврейського населення в Німеччині та на нещодавно приєднаних територіях, названих «Кришталевою ніччю». Жоден з відомих церковних лідерів не висловив публічного протесту проти цих насильницьких нападів. І в цьому вони поділяли співучасть університетських, бізнесових та військових керівників, які також мовчали під час цих подій, навіть коли багато хто їх не схвалював. Навіть якби церковні лідери висловилися після насильства і терору «Кришталевої ночі», то, ймовірно, це було б надто пізно. Наприкінці 1930-х років нацистський режим повністю контролював публічний дискурс і громадський простір. Уже тоді існували інструменти репресій — від ув’язнення в концтаборі без суду й слідства до розстрілу.