Η Βαρσοβία είναι η πρωτεύουσα του σύγχρονου κράτους της Πολωνίας. Πριν τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο η πόλη αποτελούσε ένα σημαντικό κέντρο εβραϊκής ζωής και κουλτούρας. Προπολεμικά ο εβραϊκός πληθυσμός της Βαρσοβίας ξεπερνούσε τα 350.000 άτομα, αντιπροσωπεύοντας το 30% περίπου του συνολικού πληθυσμού της πόλης. Η εβραϊκή κοινότητα της Βαρσοβίας ήταν η μεγαλύτερη στην Ευρώπη και η δεύτερη μεγαλύτερη κοινότητα στον κόσμο μετά τη Νέα Υόρκη. Μετά την εισβολή της Γερμανίας στην Πολωνία την 1 Σεπτέμβρη του 1939, η Βαρσοβία επλήγη βαριά. Γερμανικά στρατεύματα μπήκαν στην Βαρσοβία στις 29 Σεπτεμβρίου, λίγο μετά την παράδοση της πόλης. Στις 23 Νοεμβρίου 1939, οι γερμανικἐς πολιτικές αρχές κατοχής υποχρέωσαν τους Εβραίους της πόλης να φορούν λευκά περιβραχιόνια με το μπλε αστέρι του Δαβίδ για να ξεχωρίζουν. Οι Γερμανοί έκλεισαν τα εβραϊκά σχολεία, κατάσχεσαν εβραϊκές περιουσίες και χρησιμοποίησαν τους Εβραίους άνδρες για καταναγκαστικά έργα.

Στις 12 Οκτωβρίου 1940 οι Γερμανοί διέταξαν να δημιουργηθεί ένα γκέτο στη Βαρσοβία. Υποχρέωσαν όλους τους Εβραίους κατοίκους να μεταφερθούν σε μια περιοχή αποκομμένη από την υπόλοιπη πόλη το Νοέμβριο του 1940. Το γκέτο περιφράχτηκε με τείχος ύψους 3 μέτρων, στην κορυφή του οποίου ειχε τοποθετηθεί αγκαθωτό συρματόπλεγμα, και βρισκόταν υπό στενή φρούρηση. Ο πληθυσμός του γκέτο, που αυξήθηκε με την έλευση Εβραίων από κοντινές πόλεις, αριθμούσε πάνω από 400.000 άτομα. Οι γερμανικές αρχές ανάγκασαν τους κατοίκους του γκέτο να ζουν σε μια περιοχή έκτασης μόλις 3,4 τετραγωνικών χιλιομέτρων, με μέσο όρο 7,2 άτομα σε κάθε δωμάτιο. Εβραϊκοί οργανισμοί πρόνοιας μέσα στο γκέτο προσπαθούσαν να καλύψουν τις ανάγκες των κατοίκων που πάσχιζαν να επιβιώσουν. Οι μερίδες φαγητού που είχαν οριστεί από τους Γερμανούς, ήταν ανεπαρκείς για την συντήρησή τους. Από το 1940 έως τα μέσα του 1942, 83.000 Εβραίοι πέθαναν στο γκέτο λόγω υποσιτισμού και ασθενειών.

Από τις 22 Ιουλίου έως τις 12 Σεπτεμβρίου 1942 τα SS και μονάδες της γερμανικής αστυνομίας, με τη βοήθεια εφεδρικών μονάδων στρατού, ολοκλήρωσαν τις διαδικασίες μαζικού εκτοπισμού των κατοίκων του γκέτο της Βαρσοβίας προς το στρατόπεδο θανάτου Τρεμπλίνκα. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου οι Γερμανοί εκτόπισαν περίπου 265.000 Εβραίους από τη Βαρσοβία στην Τρεμπλίνκα, ενώ σκότωσαν και περίπου 35.000 Εβραίους στο γκέτο κατά την επίθεση. Τον Ιανουάριο του 1943, τα SS και μονάδες της αστυνομίας επέστρεψαν για να εκτοπίσουν τους εναπομείναντες Εβραίους του γκέτο σε στρατόπεδα καταναγκαστικής εργασίας. Αυτή τη φορά, ωστόσο, πολλοί Εβραίοι προέβαλαν αντίσταση στον εκτοπισμό τους, ορισμένοι χρησιμοποιώντας όπλα που είχαν προμηθευτεί λαθραία. Αφού συνέλαβαν περίπου 5.000 Εβραίους, τα SS και οι μονάδες της αστυνομίας διέκοψαν την επιχείρηση και υποχώρησαν. Στις 19 Απριλίου 1943 νέες δυνάμεις των SS και της αστυνομίας εμφανίστηκαν έξω από τα τείχη με σκοπό να εκτοπίσουν τους εναπομείναντες Εβραίους. Οι κάτοικοι του γκέτο αντιστάθηκαν σθεναρά, προκαλώντας απώλειες στις καλά εξοπλισμένες μονάδες των Γερμανών. Συνέχισαν να αντιστέκονται επί τέσσερις εβδομάδες, αλλά τελικά οι Γερμανοί υπερίσχυσαν στις 16 Μαΐου. Οι Γερμανοί εκτόπισαν περίπου 42.000 Εβραίους που είχαν αιχμαλωτιστεί κατά τη διάρκεια της εξέγερσης σε στρατόπεδα καταναγκαστικής εργασίας και στο στρατόπεδο συγκέντρωσης Μαϊντάνεκ. Τουλάχιστον 7.000 Εβραίοι σκοτώθηκαν κατά την εξέγερση, ενώ τα SS και η αστυνομία έστειλαν για εκτέλεση 7.000 άτομα στην Τρεμπλίνκα.

Ενθαρρυμένη από την προέλαση των σοβιετικών στρατευμάτων την 1 Αυγούστου 1944, η εθνική αντιστασιακή οργάνωση Στρατός της Πατρίδας (Armia Krajowa) εξεγέρθηκε κατά των Γερμανών κατακτητών και προσπάθησε να απελευθερώσει τη Βαρσοβία. Οι Σοβιετικοί δεν παρενέβησαν αφήνοντας τους Πολωνούς ανυποστήρικτους και τον Οκτώβριο του 1944 οι Γερμανοί συνέτριψαν την εξέγερση και ισοπέδωσαν το κέντρο της πόλης. Αν και αντιμετώπισαν τους αιχμαλωτισμένους μαχητές του Στρατού της Πατρίδας ως αιχμαλώτους πολέμου, οι Γερμανοί έστειλαν χιλιάδες αιχμαλώτους Πολωνούς πολίτες σε στρατόπεδα συγκέντρωσης. 166.000 χιλιάδες άτομα έχασαν τη ζωή τους κατά την εξέγερση της Βαρσοβίας, μεταξύ αυτών τουλάχιστον 17.000 Εβραίοι της Πολωνίας. Όταν οι σοβιετικές δυνάμεις επανέλαβαν την επίθεσή τους στις 17 Ιανουαρίου 1945, η Βαρσοβία που απελευθέρωσαν ήταν πλέον μια ερημωμένη πόλη. Μόλις 174.000 άτομα είχαν απομείνει στην πόλη, λιγότερο από το 6% του προπολεμικού της πληθυσμού. Από τους επιζήσαντες περίπου 11.550 άτομα ήταν Εβραίοι.