A náci rezsim gyakran tette brutális üldözés célpontjává a zsidó és nem zsidó nőket egyaránt, melynek formája esetenként kimondottan női mivoltukhoz kötődött. Léteztek olyan táborok, illetve a koncentrációs táborokon belül olyan egységek, amelyeket kifejezetten női foglyok számára terveztek. A legnagyobb ilyen létesítmény az 1939 májusában épült ravensbrücki náci koncentrációs tábor volt, melyben a szovjetek által történt 1945-ös felszabadításig több mint 100 000 nőt tartottak fogva. A terhes és kisgyermekes zsidó anyákat rendszerint haláltáborokba vitték, ahol a tisztek az elsők között küldték őket a gázkamrákba. Mind a gettókban, mind a táborokban különös veszélyként leselkedett a nőkre a fizikai bántalmazás és a nemi erőszak. Sok terhes zsidó asszony megpróbálta elrejteni állapotát, míg másokat arra kényszerítettek, hogy abortusznak vessék alá magukat. A német orvosok zsidó és roma nőkön végeztek sterilizálási (művi meddővé tételi) kísérleteket.

Ezzel együtt a nők a különböző ellenállási tevékenységekben is jelentős szerepet játszottak, különösen azok, akik szocialista, kommunista vagy cionista ifjúsági mozgalmakhoz tartoztak. Kelet-Lengyelországban és a Szovjetunió területén sok nő az erdőkbe menekült, és a fegyveres partizán alakulatokban szolgált. Mások a gettók ellenállási szervezeteinek vezetői vagy tagjai voltak, sőt a koncentrációs táborokban is részt vettek a felkelésekben. Az auschwitz-birkenaui haláltáborban 1944 októberében kitört lázadás során például öt zsidó rabnő biztosította a lőport az egyik gázkamra felrobbantásához, melyben több SS-katona is meghalt. Bár a holokauszt idején több millió nőt üldöztek és öltek meg, ennek célpontjává végső soron nem női mivoltuk, hanem a náci fajelmélet szerinti vallási és politikai hovatartozásuk tette őket.