Le père de Jan-Peter, Heinz Pfeffer, était un réfugié juif allemand marié à Henriette De Leeuw, une Juive néerlandaise. Terrifiés par la dictature nazie et le meurtre de l'oncle de Heinz dans un camp de concentration, ils émigrèrent aux Pays-Bas alors qu'Henriette était enceinte de neuf mois. Ils s'installèrent à Amsterdam.
1933-39 : Jan-Peter naquit peu après l'arrivée de ses parents aux Pays-Bas. Il avait 18 mois à la naissance de son petit frère Tommy. En 1939, les grands-parents et l'oncle paternels de Jan-Peter se réfugièrent eux aussi aux Pays-Bas. La langue maternelle de Jan-Peter et Tommy était le néerlandais et ils passaient souvent du temps dans la maison de famille de sa mère, à la campagne.
1940-44 : Les Allemands occupèrent Amsterdam en mai 1940. Malgré l'occupation allemande, Jan-Peter, âgé de 6 ans, ne vit pas grand changement dans sa vie quotidienne. Peu après son neuvième anniversaire, les Allemands envoyèrent sa grand-mère dans le camp de Westerbork. Six mois plus tard, Jan-Peter et sa famille furent envoyés dans ce même camp, mais sa grand-mère n'y était plus. Pendant l'hiver, les Pfeffer furent transférés dans un ghetto bien loin de là, appelé Theresienstadt, où Jan-Peter apprit le froid, la peur et la faim.
Le 18 mai 1944, Jan-Peter fut déporté avec sa famille à Auschwitz. Il fut gazé le 11 juillet 1944, à l'âge 10 ans.
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